关于drug_index.csv - Githubissues

applelalala commented 4 months ago

drug_DFP.pkl以及其他pkl文件中的每行药物的顺序，是跟drug_index中药物行相对应吗

xyzhang-10 commented 3 months ago

抱歉！才看到您问的问题。据我所知是对应的，提供的数据是相似性矩阵

applelalala commented 3 months ago

非常感谢您的回复！！

xyzhang-10 commented 3 months ago

您好。snf_smiles.pkl文件在论文中描述过，指的是讲六种分子指纹进行SNF融合后得到的融合矩阵。 ADR，disease是已经计算了相似性并且经过矩阵填充后的矩阵文件。

HuWei2001 commented 3 months ago

感谢您的帮助！

今天我在富士山 @.***

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "xyzhang-10/MSDRP" @.>; 发送时间: 2024年4月10日(星期三) 下午3:47 @.>; @.**@.>; 主题: Re: [xyzhang-10/MSDRP] 关于drug_index.csv (Issue #1)

您好。snf_smiles.pkl文件在论文中描述过，指的是讲六种分子指纹进行SNF融合后得到的融合矩阵。 ADR，disease是已经计算了相似性并且经过矩阵填充后的矩阵文件。

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HuWei2001 commented 2 months ago

作者您好，我在您独立数据集来源的NIHGCN找到了您论文中所说的436中细胞系和24种药物，但是在您的基准数据集种并没有发现580种细胞系和170种药物所对应的id，在我加载您数据中的矩阵文件后发现对应的id全部被抹除了，您可以提供一份您的原生数据集吗，或者您所用170种药物和580种细胞系所对应的id，在您基准数据集来源的TSGA论文中，由于pyg的版本问题，我无法查看其对应的npy文件。

今天我在富士山 @.***

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "xyzhang-10/MSDRP" @.>; 发送时间: 2024年4月10日(星期三) 下午3:47 @.>; @.**@.>; 主题: Re: [xyzhang-10/MSDRP] 关于drug_index.csv (Issue #1)

您好。snf_smiles.pkl文件在论文中描述过，指的是讲六种分子指纹进行SNF融合后得到的融合矩阵。 ADR，disease是已经计算了相似性并且经过矩阵填充后的矩阵文件。

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xyzhang-10 / MSDRP

关于drug_index.csv #1