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yguitton / CP-Seeker

CP-Seeker is dedicated to the post-acquisition processing, visualization and analysis of ion signals from polychlorinated alkanes (PCAs) and related chemical families within chromatography–high resolution mass spectrometry (HRMS) data sets.
https://hal.science/hal-04525586
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Bug au lancement de l'appli vierge #26

Closed ronan-cariou closed 1 year ago

ronan-cariou commented 1 year ago

Julien,

J’ai aspiré et installé la version dev sur PC2. Au lancement, il crée bien la db et le dossier « C:\Users\rc.CP-Seeker 2.0.0 » dans lequel se trouve l’error log en PJ. Il ouvre une fenêtre web mais reste planté sur une fenêtre vide (png en PJ aussi).

Peux-tu d’urgence régler le souci ?

Capture error.log

Merci, Ronan.

jsaintvanne commented 1 year ago

Hello Ronan,

Aucune erreur dans le error.log, tout à l'air de bien se dérouler... Peut être parce qu'il n'y a pas internet ? Tu as essayé d'actualiser la page ?

ronan-cariou commented 1 year ago

Pourquoi y aurai-t-il besoin d'une connexion internet ?

jsaintvanne commented 1 year ago

Aucune idée et j'ai testé ça fonctionne bien sans internet... Est-ce dû aux soucis de réseau qu'on a en ce moment ? Rafraichir la page ne fait rien ?

La connexion VPN n'est pas censée fonctionner je crois avec les attaques... et du coup pas sur que le réseau soit très stable...

En tout cas je ne pense pas à un problème lié à l'application

ronan-cariou commented 1 year ago

-J'étais au labo pour le PC2 donc on verra plus tard, quand le réseau sera stabilisé. -J'ai essayé le PC3 : trop lent au dézip. Idem. -J'ai essayé sur mon PC. Dézip Ok, J'ai chargé un mzXML : ok. J'ai lancé la déconvolution : Ok, avec balises de temps. J'ai lancé un export : pas marché (cf error en PJ error.log ) : il passe directement d'une balise de temp à l'autre : pourquoi le code entre les deux ne se réalise-t-il pas ?

jsaintvanne commented 1 year ago

Alors là c'est une très bonne question parce que tout fonctionne très bien chez moi... ! Peux tu aller ligne 440 et ajouter cette ligne stp ? "print(chem_type)" , sauvegarder, relancer l'application et l'exportation et me renvoyer le error.log ?

image

ronan-cariou commented 1 year ago

zero rows ( error.log )

jsaintvanne commented 1 year ago

Ha bah oui j'ai répondu par mail comme un imbécile :)

Désolé je te fais bosser mais je n'arrive pas à reproduire... Peux tu ajouter les 2 autres print pareil stp ?

image

ronan-cariou commented 1 year ago

C'est mieux ; les chem-types sont là au début puis disparaissent. error.log

Dans cet exemple, je n'ai pas de standards. Ronan.

jsaintvanne commented 1 year ago

Ha info importante ! Je me fais un test sans standards c'est ça qui doit l'embêter !

Je te tiens au jus !

Merci

ronan-cariou commented 1 year ago

J'ai fait un test aussi. Ca marche avec un standard. Du coup, il faudrait faire en sorte que ça marche aussi sans standard. Dans ce cas, le fichier d'export ne renseigne rien (ou N/A) dans les cellules et onglets concernés. Ça ne devrait pas être trop complexe je pense. Merci pour ça. Ronan.

jsaintvanne commented 1 year ago

J'ai la solution dans ce commit https://github.com/yguitton/CP-Seeker/commit/4f7fe10f92063f5f3f492aea934e1077037c0e1f

Si tu ne veux pas tout retélécharger, va sur le commit et tu verras ce qui a changé, c'est juste une ligne au final ;)

Je regarde au niveau de l'exportation ce que ça donne mais je pense que ce sera des NA ! On pourra ouvrir une issue si on veut modifier cela

jsaintvanne commented 1 year ago

Du coup page 2 image

Et pas d'onglet standard de créé image

ronan-cariou commented 1 year ago

C'est bon, ça marche ;)

J'ai préparé une phrase pour le futur upgrade du User Guide.

Tu peux clore l'issue.

Je reviens vers toi soon pour les autres issues en cours.

jsaintvanne commented 1 year ago

En attente de la validation de la PR https://github.com/yguitton/CP-Seeker/pull/25

ronan-cariou commented 1 year ago

Je n'y arrive de nouveau plus. J'investigue....

ronan-cariou commented 1 year ago

Ça veut dire quoi "la validation de la PR" ?

jsaintvanne commented 1 year ago

Ha ?

La Pull Request avec toutes les modifs ! Je l'accepterai sur la branche main lorsqu'on sera bon avec ce que l'on veut faire, ça évite d'en faire une pour chaque modification ;)

ronan-cariou commented 1 year ago

Bon ben gros mystère ; ça ne marche plus sans un standard. Je n'arrive même pas à avoir un print(chem_type).

Je réinstalle la version dev en entier ?

jsaintvanne commented 1 year ago

heuuuuu c'est bizarre... ton fichier log est comment du coup ?

ronan-cariou commented 1 year ago

Rien entre les deux balises de temps

ronan-cariou commented 1 year ago

Que dis-tu qu'on se retrouve chez moi demain matin pour tacler ce problème ? Ronan.

jsaintvanne commented 1 year ago

Hum ça peut si tu veux oui ! Par contre pour éviter les semblants de bouchons je te propose soit tôt genre 8h un peu avant soit un peu plus tard genre 9h30. Tu préfères ? J'espère que ce n'est pas grand chose... Tu as bien enregistré ? Ouvert la bonne application ? Essayé en retéléchargeant si c'est pas très long ?

jsaintvanne commented 1 year ago

Tout à l'air de bien fonctionner finalement !

En attente de la validation de la PR https://github.com/yguitton/CP-Seeker/pull/25

ronan-cariou commented 1 year ago

Point des issues au 29.08.2023 pour formaliser une version 2.1.0. -Bon pour la PR vers v2.1.0..

jsaintvanne commented 1 year ago

Accepted in https://github.com/yguitton/CP-Seeker/pull/25