search

yguitton / CP-Seeker

CP-Seeker is dedicated to the post-acquisition processing, visualization and analysis of ion signals from polychlorinated alkanes (PCAs) and related chemical families within chromatography–high resolution mass spectrometry (HRMS) data sets.
https://hal.science/hal-04525586
Creative Commons Attribution 4.0 International
1 stars 0 forks source link

Bornes d'intégration homogénéisées pour trapz #29

Closed ronan-cariou closed 10 months ago

ronan-cariou commented 10 months ago

J'ouvre cette issue dont on a parlé ce matin. Il s'agit d'abord de comprendre si on manque une partie des pics chromatographiques dans les groupes au score dégradé. Et si oui, pourquoi. Tom va nous filer deux fichiers et pointera un groupe homologue en particulier pour cette étude.

On envisage de fixer les bornes lm[1] et lm[2] de la fonction trapz pour le calcul des into aux min et max parmi l'ensemble des isotopomères détectés (ou alors celui du base peak mais j'hésite).

Point des issues au 29.08.2023 pour formaliser une version 2.1.0. -Issue à traiter pour l'upgrade 2.1.0.

jsaintvanne commented 10 months ago

it was a msconvert error where we used cwt algo for all raw files whereas thermo file needs vendor algo...

Modify to only take raw from thermo and not from waters

Also modify to 64 bits

Just here https://github.com/yguitton/CP-Seeker/commit/1e1520a57ab5441169b9c0d9bbadbf8b45d70a38

jsaintvanne commented 10 months ago

Accept in https://github.com/yguitton/CP-Seeker/pull/25