Bug recherche ".NIASSeeker/error.log"

Sur PC Retraitement 3, Data2 (E:), se trouve CP-Seeker-2.1.2. Il y a quelques jours, j'ai archivé la database.sqlite pour qu'il en recrée une vierge. J'ai commencé à retraiter les data de Mesut (Rec-24-Mesut) acquises par LC. Elles sont sous "E:\Rec-24-Mesut".

J'ai d'abord retraité les fichiers 20240327_005 à _028 dans la séquence LC_20240327_1.Cal. J'ai demandé PCA et un standard, avec l'ion [M+Cl]-. L'export s'est très bien passé, en Excel et en csv (C:\Users\RC\Documents.CP-Seeker 2.1.2).

J'ai ensuite lancé les fichiers 20240327_029 à _133 dans la séquence LC_20240327_2.Dust. J'ai demandé PCA (pas de standard), avec l'ion [M+Cl]-. L'export (csv et Excel) a échoué. C'est le même problème que Shanshan avait eu. Il me semble qu'on avait pas résolu l'affaire.

Il semble que l'appli cherche le fichier path[1]="C:\Users\RC\Documents/../.NIASSeeker/error.log" (C:\Users\RC.CP-Seeker 2.1.2\error - Pb Export Mesut, en attaché aussi). NIAS-Seeker est une ancienne appli développée par Sébastien. Elle n'est pas censée être dans le code de CP-Seeker, et on soupçonne un bug avec Windows.

Challenge : trouver où ça se joue et résoudre ce bug.

error - Pb Export Mesut.log

Le fichier semble n'être associé qu'à cette partie du code dans le fichier func.R

#' @title Send sweet alert error msg
#'
#' @description
#' Send predefined sweet alert error msg
#'
#' @param title string, title of the msg
#' @param msg string, content of the msg
#'
#' @return sweet alert object to show
#' 
#' @examples
#' \dontrun{sweet_alert_error("Garrrrrrrr", "Braiiiinn...")}
sweet_alert_error <- function(title = "", msg = "") shinyWidgets::sendSweetAlert(
    session, html = TRUE, title = title, 
    text = shiny::tags$div(msg, shiny::tags$br(), 
        shiny::tags$a(href = sprintf(
            'mailto:sebastien.hutinet@oniris-nantes.fr?subject=Describe header of error&body=don\'t forget to attach error log (in "%s") and database if needed (in "%s")', 
            normalizePath('~/../.NIASSeeker/error.log'), normalizePath("")), 
            "Contact me"
        )
    ), type='error')

Comme nous avons changé le PATH des fichiers d'erreurs, je peux essayer de modifier normalizePath('~/../.NIASSeeker/error.log') par le PATH actuel des fichiers "error.log"

J'ai ajouté dans le code du fichier run.js un moyen de récupérer le PATH avec le nom exact du fichier d'erreur log créé pour la session (avec la bonne date correspondante). Une variable a été ajoutée dans le fichier regpaths.json pour "error_log_path". Cette variable est réinitialisée à chaque début de session pour récupérer le nouveau nom de fichier log.

Je ne résous pas le problème Export Mesut, <simpleError in db_get_query(db, query): multiple request not authorized> Mais il n'y aura normalement plus le warning :

Warning in normalizePath(path.expand(path), winslash, mustWork) :
  path[1]="C:\Users\RC\Documents/../.NIASSeeker/error.log": The system cannot find the path specified
Warning in normalizePath(path.expand(path), winslash, mustWork) :
  path[1]="": The filename, directory name, or volume label syntax is incorrect

yguitton / CP-Seeker

Bug recherche ".NIASSeeker/error.log" #55