Bowtie 2によるリードのゲノムへのマッピングでエラーが出る

[qqsearch]

環境はLinux CentOSです。

(base) [chipseq]$ bowtie2 -p 2 -x data/external/bowtie2_index/mm10 \ -U BRD4_ChIP_IFNy.R1.trim.fastq.gz > bowtie2/BRD4_ChIP_IFNy.trim.sam (ERR): "data/external/bowtie2_index/mm10" does not exist or is not a Bowtie 2 index Exiting now ...

Macでの操作でないため -p 2 は除外して、homeディレクトリの直下であるため data/external/を抜いて行いましたが、下記のエラーが出ます。

(base) [chipseq]$ bowtie2 -x ~/bowtie2_index/mm10 -U BRD4_ChIP_IFNy.R1.trim.fastq.gz > bowtie2/BRD4_ChIP_I FNy.trim.sam stat: Bad file descriptor Warning: Could not open read file "BRD4_ChIP_IFNy.R1.trim.fastq.gz" for reading; skipping... Error: No input read files were valid (ERR): bowtie2-align exited with value 1

[yuifu]

エラーメッセージを一見すると、 BRD4_ChIP_IFNy.R1.trim.fastq.gz に何かおかしなことが起きているように見えます。

まず、 以下の２つのコマンドを実行し、それぞれの出力をお知らせいただけますでしょうか？

ls -lsh BRD4_ChIP_IFNy.R1.trim.fastq.gz

gzip -dc BRD4_ChIP_IFNy.R1.trim.fastq.gz | head

[qqsearch]

ご対応ありがとうございます。

bowtie2 -x ~/bowtie2_index/mm10 \ -U ~/chipseq/fastp/BRD4_ChIP_IFNy.R1.trim.fastq.gz > bowtie2/BRD4_ChIP_IFNy.trim.sam

fastpフォルダの参照を追記して解決しました。

$ ls -lsh BRD4_ChIP_IFNy.R1.trim.fastq.gz
877M -rw-r--r-- 1 [] rn-kumed 877M Sep 30 11:02 BRD4_ChIP_IFNy.R1.trim.fastq.gz

$ gzip -dc BRD4_ChIP_IFNy.R1.trim.fastq.gz | head
@SRR5208824.5 5/1
ACTGANACTTCTGTTTCCCCAAAAACACCCCCCAANNNNACAGCCTAGACAGGAAACCATTGAAAAGAACTCTTT
+
AAAAA#AEEEEEEEEAEEEEAAEEEEEEEEEEEAE####EEEEEE/E66EEEEA/EEEAEEEE6EEE/EE/AE<E
@SRR5208824.6 6/1
CCTGCNTTGCGCTCTGTCCCCCCTACCACGTGCCANNTNCCAACCCACGTATTTGCTCTGCGCCTCTGACTTCTA
+
6AAAA#AAEEE/EEEEEEEEEEEE/EEEEEEE/EE##E#EEE/EEEEEEEEEEEEEEE6AEEEEEE/AAEEEEEA
@SRR5208824.7 7/1
TCTCTNAACAGGGAATTCCTCCACAAATCCCCTAGNNCNTCTGTCAACAAGTGCCTTGGGTCCTTGATTGCAGGT

[yuifu]

こちらこそありがとうございます。

fastp フォルダの参照を追記して、修正しました： 2416cc6a57f446eaef6d35c9ddcf6039b6af9717