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yuifu / ngsdat2_epigenome_chipseq

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[確認]SAMファイルからBAMへの変換について #2

Open qqsearch opened 4 years ago

qqsearch commented 4 years ago

　同様に、残りのSAMファイルについてもBAMへの変換を行う。

$ cd ~/chipseq $ samtools view -bhS -F 0x4 -q 42 bowtie2/IRF1_ChIP_IFNy.trim.sam | samtools sort -T bowtie2/IRF1_ChIP_IFNy.trim - > bowtie2/Input_DNA.trim.uniq.bam

この部分の出力は IRF1_ChIP_IFNy.trim.uniq.bam にしなくても良いのでしょうか

こちらの出力結果と同じなのでしょうか↓ $ samtools view -bhS -F 0x4 -q 42 bowtie2/Input_DNA.trim.sam | samtools sort -T bowtie2/Input_DNA.trim - > bowtie2/Input_DNA.trim.uniq.bam

yuifu commented 4 years ago

度々すみません。

こちらもご指摘のように IRF1_ChIP_IFNy.trim.uniq.bam が正しいです。

修正いたしました https://github.com/yuifu/ngsdat2_epigenome_chipseq/commit/669903b7224701af4bdb99445e452f37d2efb073