yuifu
commented
3 years ago ありがとうございます。ご指摘の通り、いずれも bowtie2_index へのパスの表記が間違っておりました。ご不便をおかけし申し訳ありません。
同様の表記ミスが chipseq および atacseq の方でありましたので、以下のコミットで修正いたしました：
https://github.com/yuifu/ngsdat2_epigenome_chipseq/commit/4b57cd55aa155ed5a0d5cea4bd14527f11426bf3
P125の上から二番目のコードが私のPC（mac M1搭載）では通らなかったので報告いたします。 Indexのディレクトリの位置が教本通りにしたがっていれば ~/bowtie2-indexにあるので、以下のようにコードを書き換えるとコードが通りました。 chipseq % bowtie2 -p 8 -x ~/bowtie2_index/mm10 \ -U fastp/BRD4_ChIP_IFNy.R1.trim.fastq.gz > bowtie2/BRD4_ChIP_IFNy.trim.sam ======結果====================== 19709457 reads; of these: 19709457 (100.00%) were unpaired; of these: 1163507 (5.90%) aligned 0 times 13206029 (67.00%) aligned exactly 1 time 5339921 (27.09%) aligned >1 times 94.10% overall alignment rate その後、確認しても正しく作動していたことがわかりました。 chipseq % ls bowtie2 BRD4_ChIP_IFNy.trim.sam 他の方で困られている方がいらっしゃれば参考になればと思います