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yuifu / ngsdat2_epigenome_chipseq

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P145のRstudioのコマンドについて #5

Open shouya00025 opened 3 years ago

shouya00025 commented 3 years ago

P145の一番上のコマンドについて gr1 <- toGRanges("macs2/BRD4_ChIP_IFNy_peaks.narrowPeak", format="narrowPeak", header=FALSE) ではファイル 'macs2/BRD4_ChIp_IFNy_peaks.narrowPeak' を開くことができません: No such file or directory とのエラーメッセージが出てきました。（Rstudioを開けた際のターミナル画面のカレントディレクトリは~/chipseqとなっていました） そのため gr1 <- toGRanges("~/chipseq/macs2/BRD4_ChIP_IFNy_peaks.narrowPeak", format="narrowPeak", header=FALSE) このようなコマンドに書き換えさせていただくとパスが通り、その後の動作も問題なく進みました。 同様のエラーが出てきた方の参考になればと思いご報告させていただきました。

yuifu commented 3 years ago

ご不便をおかけいたしました。ご指摘いただきありがとうございます。 RStudio の起動時のカレントディレクトリの想定を誤っておりました。

こちらの commit で修正いたしました https://github.com/yuifu/ngsdat2_epigenome_chipseq/commit/d2ed248c89ca8a8925498f429edf170bb766bcca