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yuifu / ngsdat2_epigenome_chipseq

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MACS2（python 3版）のインストールについて #9

Open daiki-hayashi-kanazawa opened 2 years ago

daiki-hayashi-kanazawa commented 2 years ago

DRY解析教本にて勉強させて頂いております。ご質問させていただきます。 改訂版第2版 P116のMACS2のインストールのところで、

$ git checkout remotes/origin/macs2python3 のところで以下のエラーが出ました。

error: pathspec 'remotes/origin/macs2python3' did not match any file(s) known to git

https://trsasasusu.com/blog/93/ を参考に $ git fetch のコードを試しましたが、うまくいきませんでした。

ご教授いただけますと幸いです。

yuifu commented 2 years ago

お知らせいただきありがとうございます。

MACS2 が Python3系にも対応していたようですので、 git を使ったインストールはしなくても良くなったようです。

こちら ( https://pypi.org/project/MACS2/ ) のように pip install MACS2 を試していただけますでしょうか。

daiki-hayashi-kanazawa commented 2 years ago

迅速なお返事大変ありがとうございます。 pip install MACS2 で無事インストールできました。ありがとうございました。

yuifu commented 2 years ago

こちらこそありがとうございます。

こちら、修正いたしました。 https://github.com/yuifu/ngsdat2_epigenome_chipseq/blob/master/chipseq.md#macs2%E3%81%AE%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB