请问如何使用LIT-PCBA数据集 & DrugBank数据集？

yvquanli / GLAM

Code for "An adaptive graph learning method for automated molecular interactions and properties predictions".

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Closed StefanIsSmart closed 11 months ago

StefanIsSmart commented 11 months ago

LIT-PCBA数据集中的mol文件是什么意思呢？我看一个target下面往往有多个蛋白的mol文件，有这么多个蛋白质如何确定active的和inactive的分子到底是和哪一个蛋白互作？您处理data的脚本当中的sequence又是如何确定的呢？我没有在数据集中看到这些信息。
DrugBank那个数据集下载以后的 df_pair 和 dd_pair 分别代表什么呢？

yvquanli commented 11 months ago

这个的话我建议你去看一下官方的论文来确定这些信息

raoxiaohan commented 9 months ago

和这位同学有相同的疑问，DrugBank那个数据集下载以后lable分别是df_pair 和 dd_pair，但看GLAM项目的源码label应该是数字，请问是数据集更改了吗

yvquanli commented 9 months ago

LIT-PCBA的那些蛋白都是同一个蛋白，我是从其中随机选了一个。数据集没改，drugbank我是用的CASTER论文里面的数据集，数据集可以从链接找到他们那