如何计算径向分布函数(Radial Distribution Function)？

[HuangJiaLian]

用Python如何计算径向分布函数？ @fqinglee

[HuangJiaLian]

找到一个图文代码并茂的文章 "Radial Distribution Function"，看看吧！ @fqinglee

[HuangJiaLian]

维基百科:Radial distribution function 里面, 在计算RDF的时候给定dr之后，是否就不变了，变的只是r。 @fqinglee

[HuangJiaLian]

@HuangJiaLian 是的。dr选定之后就不变了, 变的只是r。对dr的要求就是不能太小。

[fqinglee]

《THE ART OF MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION》这一本数里有讲到网格点的问题以及代码所需要的公式。 在这里可以下载@HuangJiaLian

[HuangJiaLian]

@fqinglee 我没有找到在哪里。第几章，哪个位置？

[fqinglee]

4.3节（106页）&Layer method(490页）。 @HuangJiaLian

[HuangJiaLian]

如果是自己构造一个简单的系统周期盒子的大小是[5,5,5]，所有的粒子都整齐均匀地排列在类似下面的坐标里面。

[[0. 0. 0.]
 [0. 0. 1.]
 ...
 [0. 0. 4.]
 [0. 0. 5.]
...
 [0. 1. 0.]
 [0. 1. 1.]
...
[5. 5. 2.]
 [5. 5. 3.]
 [5. 5. 4.]
 [5. 5. 5.]]

接下来确定一个中心点C, 以C为起始点, r从0开始，向无穷远延伸，由于盒子具有周期边界的特征，盒子外其实也有粒子。但是我的数据里面是没有粒子外的点的坐标的。那如何计算盒子外的点的距离？ 然后来做统计。 @HuangJiaLian @fqinglee

[HuangJiaLian]

@fqinglee Layer method(490页）我的490页是 18 More about software。应该是版本不一样。章节，小结是哪里？

[fqinglee]

@HuangJiaLian 章节是17.6 Techniques for vector processing Pipelined computation

[fqinglee]

如果是自己构造一个简单的系统周期盒子的大小是[5,5,5]，所有的粒子都整齐均匀地排列在类似下面的坐标里面。

[[0. 0. 0.]
 [0. 0. 1.]
 ...
 [0. 0. 4.]
 [0. 0. 5.]
...
 [0. 1. 0.]
 [0. 1. 1.]
...
[5. 5. 2.]
 [5. 5. 3.]
 [5. 5. 4.]
 [5. 5. 5.]]

接下来确定一个中心点C, 以C为起始点, r从0开始，向无穷远延伸，由于盒子具有周期边界的特征，盒子外其实也有粒子。但是我的数据里面是没有粒子外的点的坐标的。那如何计算盒子外的点的距离？ 然后来做统计。 @HuangJiaLian @fqinglee

[HuangJiaLian]

应该是不用去考虑周期盒子外的粒子。

[fqinglee]

对 只对盒子内部的粒子做周期性处理 @HuangJiaLian

[HuangJiaLian]

RDF算法已基本写好。参考calRDF.py @fqinglee @974918051 . 见计算结果图像。