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yyoshiaki / ikra

RNAseq pipeline centered on Salmon
https://doi.org/10.5281/zenodo.4718200
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cwl #3

Open yyoshiaki opened 5 years ago

yyoshiaki commented 5 years ago

cwlでつくる？ ymlでinput情報を揃える。 working dir等どうすればいい？

/tools にまとめてtool.cwlはまとめる？

mouse, humanとPE,SE分ける。とりあえずIlluminaだけで。 wgetでreferenceとるのも。

yyoshiaki commented 5 years ago

これは次回のワークフローミートアップでやってしまおう

https://github.com/manabuishii/workflow-meetup

yyoshiaki commented 5 years ago

https://github.com/yyoshiaki/auto_counttable_maker/tree/development#cwl%E7%89%88%E3%81%AE%E9%96%8B%E7%99%BA 少し進めてみた。

yyoshiaki commented 5 years ago

リンク更新 https://github.com/yyoshiaki/ikra/blob/master/basicrnaseq_se.cwl

image

my0916 commented 5 years ago

めちゃめちゃ些細なことですが一応、大事そうなのでこんなところに書いてみますが、

$ bash ikra.sh --version ... ikra v1.2.1 -RNAseq pipeline centered on Salmon- ...

ってversionじゃなくてusageが出てくるのは意図的なんでしょうか？

せっかく、 function version() { cat << EOS >&2 ikra ${VERSION} -RNAseq pipeline centered on Salmon- EOS exit 1 } でversionを定義しているのに、使われていない気が・・・。

'-v' | '--version' ) usage ;; は '-v' | '--version' ) version ;; では？

yyoshiaki commented 5 years ago

@my0916 ご指摘と修正例のご提示どうもありがとうございます。確かにそのとおりでしたので、修正させていただきました。とても助かりました。#52

yyoshiaki commented 5 years ago

こちらは省略して記載しているだけなので大丈夫かと思っています。 ちなみに、issueは #52 に移動させていただいたのでそちらでお願いいたします。