Error: all(file.exists(files)) is not TRUE

[ykohki]

+ [[ ! -f output.tsv ]]
+ docker run -u 501:20 --rm -v /Users/yamada/ikra/test/Illumina_SE:/home -e HOME=/home --workdir /home fjukstad/tximport Rscript tximport_R.R gencode.vM19.metadata.MGI.gz Illumina_SE_SRR.csv output.tsv
Parsed with column specification:
cols(
  TXNAME = col_character(),
  GENEID = col_character()
)
Error: all(file.exists(files)) is not TRUE
Execution halted

Illumina_SEのテストなのですが、最後のここでとまってしまいます。 調べたら、https://support.bioconductor.org/p/87545/ PATHの問題のようなので、自分の環境含め見直してみます。 また解決し次第共有します。

[yyoshiaki]

報告ありがとう。tximport_R.Rで挙動がおかしい部分があったので修正しました。 最新版にアップデートしてリトライしてみてください。

https://github.com/yyoshiaki/ikra/commit/57c15bd422141479243cf914fe2cbedeaaa717f1