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ikra.shについて、 実行コマンド bash ../ikra/ikra.sh ../ikra/test/Illumina_PE/Illumina_PE_SRR.csv mouse -t 12
bash ../ikra/ikra.sh ../ikra/test/Illumina_PE/Illumina_PE_SRR.csv mouse -t 12
******* + SRR=SRR7501484 ++ echo PID_1,SRR7501484,PE ++ cut -d, -f3 + LAYOUT=PE + '[' PE = SE ']' + [[ ! -f SRR7501484_1.fastq.gz ]] + [[ '' == '' ]] + docker run -u 10011:10018 --rm -v /home/kyamada/ikra_master/run/test/Illumina_PE_SRR:/home -e HOME=/home --workdir /home inutano/sra-toolkit:2.9.0 fasterq-dump SRR7501484 --split-files --threads 12 docker: Error response from daemon: OCI runtime create failed: container_linux.go:345: starting container process caused "exec: \"fasterq-dump\": executable file not found in $PATH": unknown.
のエラーが出て、止まってしまいます。
csvに関しては、テスト用のものも、自作したもの実行した際も同じエラーです。
fixed #48 #49
ikra.shについて、 実行コマンド
bash ../ikra/ikra.sh ../ikra/test/Illumina_PE/Illumina_PE_SRR.csv mouse -t 12
のエラーが出て、止まってしまいます。
csvに関しては、テスト用のものも、自作したもの実行した際も同じエラーです。