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yyoshiaki / ikra

RNAseq pipeline centered on Salmon
https://doi.org/10.5281/zenodo.4718200
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27 stars 20 forks source link

trimgaloreあたりでファイルの認識がうまくいかない #58

Closed mamezou10 closed 3 years ago

mamezou10 commented 3 years ago 
bash /Volumes/ST4T_1/Projects/_ikra/ikra/ikra.sh /Volumes/ST4T_1/Projects/xxx/fastq/exp_mat.csv human --fastq -t 4 -s1 .R1.fastq.gz -s2 .R2.fastq.gz

以下のようにfastqがemptyと言われる

+ docker run -u 501:20 --rm -v /Volumes/ST4T_1/Projects/osawa/PCYT2/fastq:/home -e HOME=/home --workdir /home quay.io/biocontainers/trim-galore:0.6.3--0 trim_galore --cores 4 --paired

 /Volumes/ST4T_1/Projects/xxx/fastq/Hela_control_si/Hela_control_si.R1.fastq.gz /Volumes/ST4T_1/Projects/xxx/fastq/Hela_control_si/Hela_control_si.R2.fastq.gz
Path to Cutadapt set as: 'cutadapt' (default)
Cutadapt seems to be working fine (tested command 'cutadapt --version')
Cutadapt version: 2.3
Could not detect version of Python used by Cutadapt from the first line of Cutadapt (but found this: >>>#!/bin/sh<<<)
Letting the (modified) Cutadapt deal with the Python version instead
Parallel gzip (pigz) detected. Proceeding with multicore (de)compression using 4 cores

No quality encoding type selected. Assuming that the data provided uses Sanger encoded Phred scores (default)

pigz: skipping: /Volumes/ST4T_1/Projects/xxx/fastq/Hela_control_si/Hela_control_si.R1.fastq.gz does not exist
Input file '/Volumes/ST4T_1/Projects/xxx/fastq/Hela_control_si/Hela_control_si.R1.fastq.gz' seems to be completely empty. Consider respecifying!

ファイルが空なわけではなさそう

wc -c </Volumes/ST4T_1/Projects/xxx/fastq/Hela_control_si/Hela_control_si.R1.fastq.gz 
710802789

以下のように単独で実行すると動く

trim_galore --paired /Volumes/ST4T_1/Projects/xxx/fastq/Hela_control_si/Hela_control_si.R1.fastq.gz /Volumes/ST4T_1/Projects/xxx/fastq/Hela_control_si/Hela_control_si.R2.fastq.gz
yyoshiaki commented 3 years ago

ありがとうございます。修正を加えてみました。pullして動くかどうか確かめていただけますか？

mamezou10 commented 3 years ago

早速ご対応いただきありがとうございます エイリアス周りを変えていただけたかと思うのすが、 今回のケースでは動きませんでした（同じエラーが引き続きました） 元データ自体を_1と_2にrenameすることで回すことは可能です

yyoshiaki commented 3 years ago

symbolic linkで_1.fastq.gzなどは出来ていましたでしょうか？こちらでエラーが再現できないのでそちらで状況を確認いただければ幸いです。

mamezou10 commented 3 years ago

ありがとうございます シンボリックリンクはきちんとできていて、元の.R1.fastq.gzを参照できるようになっています

yyoshiaki commented 3 years ago

symbolic link, trim galore周りの修正を加えました。もしかしたらv2.0.1で解決するのかもしれません。