Open Ayum-dev opened 2 days ago
一番最初にRNA-seqの解析で使えるようになったのがikraで、最初に結果を得られたときは感動いたしました。 NGS解析の最初の一歩を踏み出せたことに本当に感謝しております。
ところで、最近genecodeでnoncode RNAが増えたので、-ctを使ってみようと思ったら、gencode.vM36.pc_transcripts.fa.gzがダウンロードされてしまいました。 これだと-pcのオプションを選んだ時と同じものになってしまいます。
ですから-ctの場合はscriptの104-105行目 '-ct'|'--comprehensive-transcripts' ) IF_PC=true; shift ここの部分を '-ct'|'--comprehensive-transcripts' ) IF_PC=false; shift と書き換えたらgencode.vM36.transcripts.fa.gzがダウンロードされるようになりました。 -ctの場合gencode.vM36.transcripts.fa.gzがダウンロードされるのであってますでしょうか？ ご検討よろしくお願いたします。
一番最初にRNA-seqの解析で使えるようになったのがikraで、最初に結果を得られたときは感動いたしました。 NGS解析の最初の一歩を踏み出せたことに本当に感謝しております。
ところで、最近genecodeでnoncode RNAが増えたので、-ctを使ってみようと思ったら、gencode.vM36.pc_transcripts.fa.gzがダウンロードされてしまいました。 これだと-pcのオプションを選んだ時と同じものになってしまいます。
ですから-ctの場合はscriptの104-105行目 '-ct'|'--comprehensive-transcripts' ) IF_PC=true; shift ここの部分を '-ct'|'--comprehensive-transcripts' ) IF_PC=false; shift と書き換えたらgencode.vM36.transcripts.fa.gzがダウンロードされるようになりました。 -ctの場合gencode.vM36.transcripts.fa.gzがダウンロードされるのであってますでしょうか？ ご検討よろしくお願いたします。