search

zdk123 / SpiecEasi

Sparse InversE Covariance estimation for Ecological Association and Statistical Inference
GNU General Public License v3.0
189 stars 66 forks source link

SPIEC-EASI clustering with positive edges only #144

Open kcbeng opened 4 years ago

kcbeng commented 4 years ago

Hello, I would like to filter out the negative edges before clustering the SPIEC-EASI network. I used the following code: otu.ids=colnames(spiec.out$data) edges=E(spiec.graph) filtered.edges=c() for(e.index in 1:length(edges)){ adj.nodes=ends(spiec.graph,edges[e.index]) xindex=which(otu.ids==adj.nodes[1]) yindex=which(otu.ids==adj.nodes[2]) beta=betaMat[xindex,yindex] if(beta<0){ filtered.edges=c(filtered.edges,edges[e.index]) } } spiec.graph.pos=delete_edges(spiec.graph, filtered.edges)

but got the following error Error in if (beta < 0) { : argument is of length zero

I checked spiec.out$data and it's NULL but looking up the structure of spiec.out gives the following:

str(spiec.out) List of 5 $ est :List of 10 ..$ method : chr "mb" ..$ path :List of 20 .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:2] 3487 1069 .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:2] 1 1 .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:2096] 1216 2240 1272 3188 3324 2556 1514 307 1155 3426 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 2 2 5 5 5 5 6 6 6 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:2096] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:7274] 1216 2240 280 758 3312 1272 3188 3324 1063 2134 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 2 5 8 11 14 17 20 20 20 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:7274] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:14630] 272 1077 1216 2240 280 384 406 474 758 1118 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 4 14 18 26 30 34 38 39 39 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:14630] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:23414] 272 1077 1216 2240 3255 280 384 406 474 758 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 5 17 21 32 38 44 50 54 55 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:23414] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:33634] 272 1077 1216 2240 3255 280 384 406 441 474 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 5 18 22 35 43 50 57 66 69 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:33634] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:45754] 87 272 625 1077 1216 2240 3255 280 384 406 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 7 25 30 48 57 68 81 96 105 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:45754] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:59934] 87 272 454 625 881 1077 1079 1173 1216 1488 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 14 35 40 59 70 86 100 119 134 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:59934] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:79594] 68 87 272 393 418 454 625 780 881 1077 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 24 47 54 80 93 117 133 161 192 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:79594] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:106808] 68 87 272 393 418 454 625 667 670 780 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 32 60 66 95 111 149 167 203 256 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:106808] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:140778] 30 68 87 119 272 393 418 454 625 667 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 44 77 85 121 143 199 221 271 348 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:140778] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:177796] 30 68 87 112 119 272 393 454 625 667 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 51 95 102 148 177 243 267 335 435 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:177796] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:215768] 30 68 87 112 119 272 316 393 454 600 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 58 113 122 179 214 286 316 398 522 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:215768] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:253394] 30 64 68 75 87 112 119 142 272 282 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 67 134 145 221 264 348 391 488 627 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:253394] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:290218] 30 64 68 75 87 112 119 142 160 201 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 76 150 161 247 293 384 435 553 705 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:290218] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:324556] 30 64 68 75 87 112 119 142 160 201 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 83 168 181 274 325 420 476 609 777 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:324556] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:357570] 30 64 68 75 87 112 119 158 160 201 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 91 186 201 297 351 460 523 671 854 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:357570] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:388714] 30 64 68 75 87 112 119 158 160 201 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 96 204 221 325 389 509 573 727 920 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:388714] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:418328] 30 64 68 75 112 119 158 160 201 252 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 102 215 232 344 413 533 606 765 967 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:418328] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:446530] 30 64 68 75 112 119 158 160 173 201 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 105 234 251 375 448 577 654 812 1020 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:446530] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. ..@ factors : list() ..$ beta :List of 20 .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:2] 3487 1069 .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:2] 1.11e-16 1.11e-16 .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:1576] 1216 2240 1272 2556 1514 3426 82 1348 626 2696 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 2 2 3 3 3 3 4 4 4 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:1576] 0.0178 0.0314 0.2128 0.0956 0.0485 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:4994] 1216 2240 280 758 3312 1272 2134 1638 1713 2530 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 2 5 6 7 10 13 14 14 14 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:4994] 0.1109 0.12452 0.00913 0.02082 0.0915 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:9808] 1077 1216 2240 280 406 758 3312 1272 1063 1569 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 3 7 8 12 16 20 21 22 22 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:9808] 0.04 0.1708 0.1797 0.0637 0.0393 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:15677] 1077 1216 2240 3255 280 406 474 758 3312 805 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 4 9 11 18 23 28 31 35 36 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:15677] 0.0698 0.2085 0.2109 0.0306 0.111 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:22417] 1077 1216 2240 3255 280 406 474 758 1810 3312 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 4 10 12 21 28 33 37 45 48 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:22417] 0.0895 0.2377 0.2347 0.0596 0.147 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:30468] 87 272 1077 1216 2240 3255 280 406 441 474 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 6 17 19 31 39 48 53 64 73 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:30468] 0.00488 0.03651 0.09533 0.25767 0.24549 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:39771] 87 272 454 881 1077 1079 1173 1216 2240 3255 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 10 26 28 42 51 61 67 80 94 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:39771] 0.01715 0.0546 0.00104 0.01241 0.09682 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:51885] 87 272 454 780 881 1077 1079 1173 1216 1314 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 12 31 33 52 63 76 82 102 133 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:51885] 0.01503 0.05397 0.03166 0.00458 0.03381 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:67550] 87 272 454 625 780 881 1077 1079 1173 1216 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 15 38 40 65 78 97 104 130 179 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:67550] 0.01216 0.05714 0.03778 0.00133 0.00872 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:86206] 87 119 272 454 625 780 842 881 885 942 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 24 51 54 85 102 128 138 174 244 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:86206] 0.00762 -0.01867 0.05595 0.04416 0.00385 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:106237] 87 112 119 272 454 625 780 842 881 885 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 27 64 66 104 126 154 166 208 294 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:106237] 0.0462 -0.0505 -0.0223 0.0498 0.0464 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:126488] 87 112 119 272 316 454 625 780 842 881 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 29 76 79 129 155 186 203 247 353 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:126488] 0.0775 -0.0901 -0.023168 0.04416 -0.000845 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:146575] 75 87 112 119 272 316 454 535 625 780 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 32 90 96 164 195 232 257 307 423 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:146575] 0.0315 0.086 -0.0977 -0.0242 0.0378 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:166032] 75 87 112 119 160 201 272 316 454 535 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 37 100 106 185 219 256 287 348 468 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:166032] 0.04165 0.08697 -0.0985 -0.02387 -0.00484 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:184156] 75 87 112 119 160 201 252 272 316 454 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 39 114 121 206 244 283 320 386 515 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:184156] 0.11288 0.08546 -0.09723 -0.02346 -0.00882 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:201537] 75 87 112 119 160 201 252 272 316 454 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 42 127 135 223 263 309 352 425 566 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:201537] 0.123 0.077 -0.0818 -0.0244 -0.011 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:217978] 75 87 112 119 160 201 252 272 316 447 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 44 141 151 247 293 344 385 458 604 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:217978] 0.1167 0.0256 -0.0324 -0.0257 -0.01 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:233444] 75 112 119 160 201 252 272 316 447 454 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 49 149 160 263 314 366 413 489 640 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:233444] 0.11281 -0.00802 -0.02575 -0.01012 -0.02023 ... .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. ..@ i : int [1:248269] 75 112 119 160 173 201 252 272 316 447 ... .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 53 167 178 290 344 397 447 524 680 ... .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..@ x : num [1:248269] 0.116723 -0.004 -0.020558 -0.010061 -0.000434 ... .. .. .. ..@ factors : list() ..$ lambda : num [1:20] 1 0.785 0.616 0.483 0.379 ... ..$ sparsity : num [1:20] 1.43e-07 1.50e-04 5.19e-04 1.04e-03 1.67e-03 ... ..$ df : num [1:3743, 1:20] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... ..$ sym : chr "or" ..$ scr : logi FALSE ..$ cov.input: logi FALSE ..$ data : num [1:176, 1:3743] -0.229 -0.418 -0.462 -0.337 -0.515 ... .. ..- attr(, "dimnames")=List of 2 .. .. ..$ : chr [1:176] "Sample1" "Sample2" "Sample3" "Sample4" ... .. .. ..$ : chr [1:3743] "0010ea396016c7fc4b0b2c2775ffabfc" "0011eec6361e793c2eb51d9d644a0954" "00144accefef60a087c22a7384d9d600" "003bb68c3e7975abd8b7dba6144366a1" ... ..- attr(, "class")= chr "huge" $ refit :List of 1 ..$ stars:Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. ..@ i : int [1:418328] 30 64 68 75 112 119 158 160 201 252 ... .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 102 215 232 344 413 533 606 765 967 ... .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. ..$ : NULL .. .. ..@ x : num [1:418328] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. ..@ factors : list() $ fun : symbol sparseiCov $ select:List of 4 ..$ stars:List of 5 .. ..$ merge :List of 20 .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:3516] 39 64 68 70 106 151 211 214 282 310 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 0 0 76 76 76 76 76 76 76 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:3516] 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:29206] 30 64 86 272 636 780 880 885 1159 1173 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 22 24 121 122 124 130 135 135 135 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:29206] 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.1 0.05 0.05 0.2 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:59878] 30 64 86 87 272 535 636 880 885 942 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 23 40 143 154 168 182 191 204 204 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:59878] 0.05 0.05 0.05 0.05 0.25 0.1 0.05 0.1 0.05 0.05 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:94308] 30 64 86 87 272 454 502 535 880 885 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 30 56 177 196 219 240 255 277 277 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:94308] 0.05 0.05 0.05 0.05 0.45 0.15 0.05 0.1 0.1 0.1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:130742] 30 64 86 87 272 454 502 535 625 863 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 32 67 192 225 255 285 311 350 355 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:130742] 0.05 0.05 0.05 0.05 0.4 0.2 0.05 0.1 0.1 0.05 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:170158] 30 64 86 272 393 454 502 535 625 863 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 36 86 225 267 299 340 377 436 457 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:170158] 0.05 0.05 0.05 0.4 0.05 0.25 0.05 0.1 0.25 0.05 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:221876] 30 64 86 272 454 502 535 625 670 863 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 42 105 266 323 370 427 469 536 581 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:221876] 0.05 0.1 0.05 0.4 0.3 0.05 0.1 0.55 0.05 0.05 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:284612] 30 64 86 272 454 502 535 625 658 880 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 40 119 286 353 411 477 533 617 742 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:284612] 0.05 0.05 0.05 0.4 0.45 0.05 0.1 0.6 0.05 0.1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:409494] 30 64 86 272 418 454 502 535 625 658 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 49 145 413 494 573 661 732 842 1051 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:409494] 0.05 0.1 0.05 0.4 0.15 0.55 0.05 0.1 0.6 0.05 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:569404] 30 44 64 67 86 106 136 142 209 272 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 69 184 656 764 863 984 1066 1214 1536 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:569404] 0.05 0.05 0.1 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.4 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:770852] 3 30 44 64 67 85 87 106 136 142 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 119 277 987 1134 1272 1447 1566 1773 2204 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:770852] 0.05 0.05 0.05 0.1 0.05 0.05 0.05 0.1 0.1 0.1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:970148] 3 30 44 64 67 70 85 87 106 134 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 149 344 1235 1441 1634 1844 2021 2284 2811 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:970148] 0.15 0.05 0.05 0.1 0.05 0.1 0.05 0.05 0.1 0.05 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:1156716] 3 28 30 44 64 67 70 85 87 106 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 189 439 1439 1696 1940 2203 2431 2753 3357 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:1156716] 0.1 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.1 0.05 0.05 0.1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:1342514] 3 28 30 44 58 64 67 70 85 87 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 227 526 1612 1922 2193 2498 2777 3148 3807 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:1342514] 0.1 0.05 0.05 0.05 0.05 0.1 0.05 0.1 0.05 0.05 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:1506326] 3 10 28 30 44 58 64 67 70 77 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 256 606 1753 2114 2431 2769 3084 3521 4225 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:1506326] 0.1 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.1 0.05 0.1 0.05 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:1638230] 3 10 28 30 44 58 64 67 68 70 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 281 676 1865 2278 2616 2984 3327 3808 4555 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:1638230] 0.1 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.1 0.05 0.05 0.1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:1779438] 3 10 28 30 44 58 64 67 68 70 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 319 756 1989 2436 2794 3188 3571 4093 4883 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:1779438] 0.1 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.1 0.05 0.05 0.1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:1920570] 3 10 28 30 44 58 64 67 68 70 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 344 827 2102 2595 2993 3404 3802 4347 5178 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:1920570] 0.1 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.1 0.05 0.05 0.1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:2035658] 3 10 28 30 44 58 64 67 68 70 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 371 889 2179 2708 3115 3553 3969 4546 5431 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:2035658] 0.1 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.1 0.05 0.05 0.1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:2148682] 3 10 28 30 44 58 64 67 68 70 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 398 946 2254 2818 3244 3693 4129 4727 5646 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:2148682] 0.1 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.1 0.05 0.05 0.1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ summary : num [1:20] 5.37e-05 6.56e-04 1.52e-03 2.53e-03 3.65e-03 ... .. ..$ opt.index: num 19 .. ..$ criterion: chr "stars.stability" .. ..$ thresh : num 0.05 ..$ call : language pulsar(data = X, fun = match.fun(estFun), fargs = args, criterion = "stars", thresh = 0.05, rep.num = 20) ..$ envir:<environment: 0x00000188798f3f20> ..$ est :List of 10 .. ..$ method : chr "mb" .. ..$ path :List of 20 .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:2] 3487 1069 .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:2] 1 1 .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:2096] 1216 2240 1272 3188 3324 2556 1514 307 1155 3426 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 2 2 5 5 5 5 6 6 6 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:2096] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:7274] 1216 2240 280 758 3312 1272 3188 3324 1063 2134 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 2 5 8 11 14 17 20 20 20 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:7274] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:14630] 272 1077 1216 2240 280 384 406 474 758 1118 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 4 14 18 26 30 34 38 39 39 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:14630] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:23414] 272 1077 1216 2240 3255 280 384 406 474 758 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 5 17 21 32 38 44 50 54 55 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:23414] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:33634] 272 1077 1216 2240 3255 280 384 406 441 474 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 5 18 22 35 43 50 57 66 69 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:33634] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:45754] 87 272 625 1077 1216 2240 3255 280 384 406 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 7 25 30 48 57 68 81 96 105 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:45754] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:59934] 87 272 454 625 881 1077 1079 1173 1216 1488 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 14 35 40 59 70 86 100 119 134 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:59934] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:79594] 68 87 272 393 418 454 625 780 881 1077 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 24 47 54 80 93 117 133 161 192 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:79594] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:106808] 68 87 272 393 418 454 625 667 670 780 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 32 60 66 95 111 149 167 203 256 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:106808] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:140778] 30 68 87 119 272 393 418 454 625 667 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 44 77 85 121 143 199 221 271 348 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:140778] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:177796] 30 68 87 112 119 272 393 454 625 667 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 51 95 102 148 177 243 267 335 435 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:177796] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:215768] 30 68 87 112 119 272 316 393 454 600 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 58 113 122 179 214 286 316 398 522 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:215768] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:253394] 30 64 68 75 87 112 119 142 272 282 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 67 134 145 221 264 348 391 488 627 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:253394] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:290218] 30 64 68 75 87 112 119 142 160 201 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 76 150 161 247 293 384 435 553 705 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:290218] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:324556] 30 64 68 75 87 112 119 142 160 201 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 83 168 181 274 325 420 476 609 777 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:324556] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:357570] 30 64 68 75 87 112 119 158 160 201 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 91 186 201 297 351 460 523 671 854 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:357570] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:388714] 30 64 68 75 87 112 119 158 160 201 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 96 204 221 325 389 509 573 727 920 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:388714] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:418328] 30 64 68 75 112 119 158 160 201 252 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 102 215 232 344 413 533 606 765 967 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:418328] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:446530] 30 64 68 75 112 119 158 160 173 201 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 105 234 251 375 448 577 654 812 1020 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:446530] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ beta :List of 20 .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:2] 3487 1069 .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:2] 1.11e-16 1.11e-16 .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:1576] 1216 2240 1272 2556 1514 3426 82 1348 626 2696 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 2 2 3 3 3 3 4 4 4 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:1576] 0.0178 0.0314 0.2128 0.0956 0.0485 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:4994] 1216 2240 280 758 3312 1272 2134 1638 1713 2530 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 2 5 6 7 10 13 14 14 14 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:4994] 0.1109 0.12452 0.00913 0.02082 0.0915 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:9808] 1077 1216 2240 280 406 758 3312 1272 1063 1569 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 3 7 8 12 16 20 21 22 22 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:9808] 0.04 0.1708 0.1797 0.0637 0.0393 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:15677] 1077 1216 2240 3255 280 406 474 758 3312 805 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 4 9 11 18 23 28 31 35 36 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:15677] 0.0698 0.2085 0.2109 0.0306 0.111 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:22417] 1077 1216 2240 3255 280 406 474 758 1810 3312 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 4 10 12 21 28 33 37 45 48 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:22417] 0.0895 0.2377 0.2347 0.0596 0.147 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:30468] 87 272 1077 1216 2240 3255 280 406 441 474 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 6 17 19 31 39 48 53 64 73 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:30468] 0.00488 0.03651 0.09533 0.25767 0.24549 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:39771] 87 272 454 881 1077 1079 1173 1216 2240 3255 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 10 26 28 42 51 61 67 80 94 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:39771] 0.01715 0.0546 0.00104 0.01241 0.09682 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:51885] 87 272 454 780 881 1077 1079 1173 1216 1314 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 12 31 33 52 63 76 82 102 133 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:51885] 0.01503 0.05397 0.03166 0.00458 0.03381 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:67550] 87 272 454 625 780 881 1077 1079 1173 1216 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 15 38 40 65 78 97 104 130 179 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:67550] 0.01216 0.05714 0.03778 0.00133 0.00872 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:86206] 87 119 272 454 625 780 842 881 885 942 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 24 51 54 85 102 128 138 174 244 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:86206] 0.00762 -0.01867 0.05595 0.04416 0.00385 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:106237] 87 112 119 272 454 625 780 842 881 885 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 27 64 66 104 126 154 166 208 294 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:106237] 0.0462 -0.0505 -0.0223 0.0498 0.0464 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:126488] 87 112 119 272 316 454 625 780 842 881 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 29 76 79 129 155 186 203 247 353 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:126488] 0.0775 -0.0901 -0.023168 0.04416 -0.000845 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:146575] 75 87 112 119 272 316 454 535 625 780 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 32 90 96 164 195 232 257 307 423 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:146575] 0.0315 0.086 -0.0977 -0.0242 0.0378 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:166032] 75 87 112 119 160 201 272 316 454 535 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 37 100 106 185 219 256 287 348 468 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:166032] 0.04165 0.08697 -0.0985 -0.02387 -0.00484 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:184156] 75 87 112 119 160 201 252 272 316 454 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 39 114 121 206 244 283 320 386 515 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:184156] 0.11288 0.08546 -0.09723 -0.02346 -0.00882 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:201537] 75 87 112 119 160 201 252 272 316 454 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 42 127 135 223 263 309 352 425 566 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:201537] 0.123 0.077 -0.0818 -0.0244 -0.011 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:217978] 75 87 112 119 160 201 252 272 316 447 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 44 141 151 247 293 344 385 458 604 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:217978] 0.1167 0.0256 -0.0324 -0.0257 -0.01 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:233444] 75 112 119 160 201 252 272 316 447 454 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 49 149 160 263 314 366 413 489 640 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:233444] 0.11281 -0.00802 -0.02575 -0.01012 -0.02023 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. .. ..$ :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots .. .. .. .. ..@ i : int [1:248269] 75 112 119 160 173 201 252 272 316 447 ... .. .. .. .. ..@ p : int [1:3744] 0 53 167 178 290 344 397 447 524 680 ... .. .. .. .. ..@ Dim : int [1:2] 3743 3743 .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2 .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. .. ..$ : NULL .. .. .. .. ..@ x : num [1:248269] 0.116723 -0.004 -0.020558 -0.010061 -0.000434 ... .. .. .. .. ..@ factors : list() .. ..$ lambda : num [1:20] 1 0.785 0.616 0.483 0.379 ... .. ..$ sparsity : num [1:20] 1.43e-07 1.50e-04 5.19e-04 1.04e-03 1.67e-03 ... .. ..$ df : num [1:3743, 1:20] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... .. ..$ sym : chr "or" .. ..$ scr : logi FALSE .. ..$ cov.input: logi FALSE .. ..$ data : num [1:176, 1:3743] -0.229 -0.418 -0.462 -0.337 -0.515 ... .. .. ..- attr(, "dimnames")=List of 2 .. .. .. ..$ : chr [1:176] "Sample1" "Sample2" "Sample3" "Sample4" ... .. .. .. ..$ : chr [1:3743] "0010ea396016c7fc4b0b2c2775ffabfc" "0011eec6361e793c2eb51d9d644a0954" "00144accefef60a087c22a7384d9d600" "003bb68c3e7975abd8b7dba6144366a1" ... .. ..- attr(, "class")= chr "huge" ..- attr(*, "class")= chr "pulsar" $ lambda: num [1:20] 1 0.785 0.616 0.483 0.379 ...

zdk123 commented 4 years ago

try otu.ids=colnames(spiec.out$est$data) instead