定义pull_coord*_vec - Githubissues

ABChh26 commented 3 years ago

请问pull_coord_vec的值只能是0、1或者-1嘛？我做配体结合受体的模拟，配体到达结合位点之前变换移动方向，设置pull_coord_geometry = direction_periodic，改变pull_coord*_vec的值对吗？

zhanggehui commented 3 years ago

关于gromacs的mdp文件的设定在gromacs官方的文档里有详细介绍，可以去仔细阅读下 pull-coord1-vec，可以随意写一个向量，代表pull的direction，gmx grompp会对这个vector归一化. pull-coord1-geometry=direction-periodic用于当牵引距离超过半个盒子的长度时使用，此时计算距离不会收到周期性边界条件的影响，如果没有超过盒子一半的距离，用pull-coord1-geometry=direction就行

ABChh26 commented 3 years ago

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        是的，我在一开始设置pull_coord*_geometry=direction，报错后修改为direction_periodic顺利运行；我将受体固定住，希望在变换的方向上牵引配体，以下是我牵引模拟文件的一部分。如果您愿意，请您指导关于pull_coord*_groups的值，是否需要定义88个pull_group*_name了？pull_ngroups            = 2 pull_group1_name        = 配体pull_group2_name        = 受体pull_ncoords=88  pull_coord1_type=umbrellapull_coord1_geometry=direction_periodicpull_coord1_groups= 1 2pull_coord1_rate= -0.01pull_coord1_vec=54.774 -2.161 -15.175pull_coord1_k=1000pull_coord1_start=yes…………pull_coord87_type=umbrellapull_coord87_geometry=direction_periodicpull_coord87_groups= 1 2pull_coord87_rate= -0.01pull_coord87_vec=55.578 -3.816 6.552pull_coord87_k=1000pull_coord87_start=yespull_coord88_type=umbrellapull_coord88_geometry=direction_periodicpull_coord88_groups= 1 2pull_coord88_rate= -0.01pull_coord88_vec=55.767 -3.721 7.216pull_coord88_k=1000pull_coord88_start=yes

                            2351428409

                                ***@***.***

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在2021年8月19日 ***@***.***> 写道：

关于gromacs的mdp文件的设定在gromacs官方的文档里有详细介绍，可以去仔细阅读下 pull-coord1-vec，可以随意写一个向量，代表pull的direction，gmx grompp会对这个vector归一化. pull-coord1-geometry=direction-periodic用于当牵引距离超过半个盒子的长度时使用，此时计算距离不会收到周期性边界条件的影响，如果没有超过盒子一半的距离，用pull-coord1-geometry=direction就行

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zhanggehui commented 3 years ago

你的模拟情形以及需求我并不是很清楚，对于比较大的分子一般拉动质心就可以了。gromacs官网有个很好的例子（http://www.mdtutorials.com/gmx/umbrella/index.html），你可以学习下

zhanggehui / E_P_seperation

定义pull_coord*_vec #1