关于Seurat版本更新后的使用问题

zhanghao-njmu / SCP

An end-to-end Single-Cell Pipeline designed to facilitate comprehensive analysis and exploration of single-cell data.

https://zhanghao-njmu.github.io/SCP/

GNU General Public License v3.0

327 stars 70 forks source link

关于Seurat版本更新后的使用问题 #229

Open kikokhalifa opened 6 months ago

kikokhalifa commented 6 months ago

张老师您好，我在尝试默认安装SCP时，默认是安装的SeuratV5，而导致无法运行，因此调试后将Seurat降为4.4.0，SeuratObject保持V5，可以运行CellQC，但在进行Standard_SCP时，输出的文件中缺少了“Celltpye”，"SubCelltype"等文件。请问这应该如何解决呢谢谢。微信图片_20240112231726

lisch7 commented 5 months ago

我也想知道，SCP什么时候可以兼容Seurat V5

XiaolongYang-HZAU commented 1 month ago

同样的问题，手动降级seurat5以及依赖包非常复杂，且仍然会在一些函数遇到不可预料的bug