请求帮助！！ - Githubissues

cppxu commented 6 years ago

您好：看到您的项目，很感兴趣。但是由于缺少专业知识，不太懂得怎么将CT图像转换成BMP格式的。您可否将转换成BMP文件的代码分享下；问题2转换之后与lung_train.json中的格式怎么对应的（即：如这个的命名原则：lung_data/LIDC-IDRI-1003.dat21.bmp，为什么这样命名呢？）十分感谢！

zhwhong commented 6 years ago

@cppxu 您好，这个项目是之前实习做的练手项目，后来搬走了，你现在看到的这个内容就是所有的可以参考代码，其他的我现在自己也没有了。关于LIDC数据的一些操作可以参考这里的一些代码，对图片切割什么的可以看这里等。关于你的问题，CT图像转换为BMP，我这里是用的python，所以首先使用pydicom包读取出DICOM文件中的pixel信息，然后使用python的一些图像处理库保存图像，这个很多比如scipy.misc，PIL的Image，skimage.io等，比如下面一个简单的例子：

import dicom
import scipy
f_dcm = dicom.read_file('000001.dcm')
scipy.misc.imsave(dstpath, f_dcm.pixel_array)

关于那个命名，LIDC-IDRI-1003是病例号，表示某个病人的数据，dat_21_是该组数据中的第21张切片，一般一组数据会有很多张切片，比如一两百张，因为你在做CT时是横断面扫描，从肺部上面以一定的z轴间隔一直扫描到肺部下面出来一组片子。

cppxu commented 6 years ago

谢谢您，那请问一下lung_data/LIDC-IDRI-1003.dat21.bmp这个的第21张图片，应该不是原图的第21张图片吧？那这个是用哪些图合成的这1张图片呢？能否再稍微给点思路！非常感谢！

zhwhong commented 6 years ago

@cppxu 这个不能根据文件名来判断切片顺序，需要读取每一张dcm的空间位置信息（Z坐标或者有一个关键字instance number可以排序）然后排序得到一组数据。关于获取z轴信息排序可以参考 write_bin_file.py 和nodule2.py 。关于dcm各个标签的含义可以看我以前的一个总结 LIDC-IDRI肺结节公开数据集Dicom和XML标注详解和csdn一篇博文的详细介绍 DICOM的常用Tag分类和说明。

wkflyerman commented 6 years ago

看到你的项目，我非常感兴趣。作者能否能详细实现一次过程的说明。非常感谢。比如如何用自己的数据集进行试验。等等。图像的预处理，分割，分类。。。。。谢谢。希望得到你的帮助。

Shine0917 commented 6 years ago

我也想做一下这个实验，能否说下详细过程，万分感谢！

zhwhong / lidc_nodule_detection

请求帮助！！ #3