goa_uniprot_all.gaf和goa_uniprot_all.gat有什么不同?

[xinghao302001]

你好，我想问下在你readme文件里面，我看你们用的是goa_uniprot_all.gat,但在gen_onto_protein_data.py里create_goa_triplet用的又是goa_uniprot_all.gaf来构建triplet，所以我想确定下应该用哪一个文件？

[Alexzhuan]

你好，

.gaf和.gpa是gene ontology不同格式的注释文件，都包含对蛋白质的注释，只是它们的字段会有所不同，可见gene ontology官网的文档介绍（gpa 和 gaf )。

两种格式都是可以的，我们在 gen_onto_protein_data.py 中实现的是对 .gaf文件的处理。