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zjunlp / OntoProtein

[ICLR 2022] OntoProtein: Protein Pretraining With Gene Ontology Embedding
MIT License
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数据文件 #4

Closed lonetravelwolf closed 2 years ago

lonetravelwolf commented 2 years ago

博主你好，请问一下代码数据集中，protein_go_triplet，protein_seq_map.txt文件如何获取？似乎没有在代码中找到

Alexzhuan commented 2 years ago

你好，我们数据集中 protein_seq_map.txt 是由OntoProtein/gen_onto_protein_data.py 中 create_uniprot_data 生成，需要输入蛋白质序列文件 uniprot_sprot.dat （我们在README提供了下载途径）；protein_go_triplet 是文件夹，里面文件是由 create_goa_triplet 生成。

lonetravelwolf commented 2 years ago

非常感谢，我在建立protein_seq_map.txt空白文件后解决了问题