Изменить вывод ig-aligner

Feodorov commented 10 years ago

Паша, нужны примеры вывода. Я понимаю, что должно быть что-то вида: {read_id: {V: [v_germline_id1, v_germline_id2], D: [d_germline_id1, d_germline_id2], J: [j_germline_id1, j_germline_id2], K: [k_germline_id1, k_germline_id2]}}

zmactep commented 10 years ago

Да, хорошо. Я бы сделал так (с указанием similarity):

{
'read_0' : {
                    'V': [('IGHV01*f03', 0.95), ('...', ...)],
                    'D': [...., ....],
                    'J': [...., ....]
           }
}

zmactep commented 10 years ago

Еще лучше с указание similarity и границ (start, end):

{
'read_0' : {
                    'V': [('IGHV01*f03', 0.95, 1, 289), ('...', ...)],
                    'D': [...., ....],
                    'J': [...., ....]
           }
}

Feodorov commented 10 years ago

Сделал, выглядит вот так:

    "H52AO1A01A6X19": {
        "V": [{"ref_name": V4-8P, "score": 77, "mismatches": 83, "ref_begin": 37, "ref_end": 244}, {"ref_name": IGLV9-49*01, "score": 76, "mismatches": 97, "ref_begin": 66, "ref_end": 290}, {"ref_name": IGLV9-49*03, "score": 74, "mismatches": 99, "ref_begin": 66, "ref_end": 290}, {"ref_name": IGLV9-49*02, "score": 72, "mismatches": 98, "ref_begin": 66, "ref_end": 290}, {"ref_name": IGLV8/OR8-1*02, "score": 69, "mismatches": 61, "ref_begin": 10, "ref_end": 177}, {"ref_name": V2-18P, "score": 67, "mismatches": 63, "ref_begin": 4, "ref_end": 168}, {"ref_name": IGLV8-61*03, "score": 62, "mismatches": 73, "ref_begin": 13, "ref_end": 177}, {"ref_name": IGLV8-61*02, "score": 60, "mismatches": 77, "ref_begin": 3, "ref_end": 175}, {"ref_name": IGLV8-61*01, "score": 60, "mismatches": 77, "ref_begin": 3, "ref_end": 175}, {"ref_name": IGLV3-12*02, "score": 60, "mismatches": 119, "ref_begin": 3, "ref_end": 279}, {"ref_name": IGLV3-12*01, "score": 60, "mismatches": 121, "ref_begin": 3, "ref_end": 279}],
        "D": [],
        "J": []
    }

Вывод информации по гену - в строке 47 файла ig-aligner/gene_detector/src/main.cpp - можешь править, если не нравится текущий вариант.

zmactep / ig-pipeline

Изменить вывод ig-aligner #12