search

zmactep / ig-pipeline

2 stars 0 forks source link

Вырезание региона #19

Closed zmactep closed 10 years ago

zmactep commented 10 years ago

С божью (ig-tools/ig-snooper/ig_snooper_utils) помощью получать отдельный FASTA файл с указанным регионом из каждого сиквенса входного FASTA + Kabat файлов.

Feodorov commented 10 years ago

Пример запуска:

python cut_region.py --input=/Users/Kos/Dropbox/Biocad/ig-pipeline/data/train/VDJH_train.fasta --kabat=/Users/Kos/Dropbox/Biocad/ig-pipeline/data/train/VDJH_train.kabat --output=/Users/Kos/Downloads/output.fasta --reg_num=6

Номер региона начинается с 0. Если сиквенса нет в kabat, или номер региона выходит за границу - в консоль выводится сообщение, а сиквенс игнорируется.