Мысли по черновику

[zmactep]

Внести всем соображения, что в принципе писать в статье в черновик. Желательно закончить до 14.12.

[Feodorov]

План:

• Введение: описание других тулов, их слабые стороны
• Описание нашего подхода, почему он работает, его слабые и сильные стороны
• Эксперимент, бенчмарки, замеры скоростей
• Результаты, красивые таблички, в которых мы рвем всех конкурентов.

Предлагаю сюда кидать список тех, с кем будем сравниваться. На использование деревьев меня натолкнула вот эта статья:

• http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3753563/

[zmactep]

Разумеется, в сравнение добавим:

• IgBLAST (http://nar.oxfordjournals.org/content/41/W1/W34.long)
• IMGT/V-QUEST (http://nar.oxfordjournals.org/content/36/suppl_2/W503.long)

[Feodorov]

А по каким параметрам сравниваем? Скорость/точность. Что еще?

[zmactep]

Скорость, точность, объем данных.

• то, чего нет у других:
  1. Возможность работать в составе пайплайна
  2. Выдача информации в машиночитаемом формате
  3. Возможность обработки больших данных
  4. Разметка всего иммуноглобулина, а не только до FR3
  5. Возможность разметки кусочка иммуноглобулина

[Feodorov]

Мы позиционируемся как OpenSource? Или все закрыто?

[zmactep]

Как open-source. Хотя это я еще уточню.

Я выложил свои мысли. Налетайте.

[Feodorov]

В какой статье ты нашел предложение распиливать строку на к-меры и предсказывать центральный нуклеотид?

[zmactep]

Я это нашел в презентации по PHD. Статью по нему, я если честно, не читал. А на презентацию вышел случайно, когда копался в алгоритмах по вторичным структурам.

Кстати, GOR-алгоритм делает так же. И там фиксированное окно 17 аминокислот.

[zmactep]

http://www.cs.albany.edu/sta670/Assignments/RostSander93.pdf

Смотри Figure 2

[Sergey-Knyazev]

Предлагаю следующий план действий:

1) начать с рисунков и таблиц. 2) results 3) methods 3) introduction 4) discussion 5) abstract

[zmactep]

@SergeyKnyazev при ответе через почту возникает беда с кодировками. Так что лучше на сайте. :)