search

zqfelix422 / SharedThoughts

0 stars 0 forks source link

Gromacs模拟结果分析 #2

Closed utterances-bot closed 2 years ago

utterances-bot commented 2 years ago

Gromacs模拟结果分析

当完成50ns 的分子动力学分析后，我们要对动力学结果进行解析分析，现提供一些常用的命令分享给大家。

  1. 周期性边界处理，保持分子完整性 gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o mdnoPBC.xtc -pbc mol -center

    选1（protein）和0（system）

  2. .消除平动和转动 gmx trjconv -s md.tpr -f mdnoPBC.xtc -o mdclean.xtc -fit rot+trans

    选1（protein）和0（system）

  3. 计算RMSD gmx rms -s md.tpr -f mdclean.xtc -o rmsd.xvg -tu ns

    选1（backbone)

  4. 计算30~50ns的RMSF gmx rmsf

http://localhost:13269/p/gromacs%E6%A8%A1%E6%8B%9F%E7%BB%93%E6%9E%9C%E5%88%86%E6%9E%90/

zqfelix422 commented 2 years ago

Hello, welcome to share your thoughts.