Clinical-Genomics-Lund / nextflow_wgs

5 stars 5 forks source link

Panel app green list #24

Closed ViktorHy closed 4 years ago

ViktorHy commented 4 years ago

Vid vår trio-analys använder vi i ett steg OMIM_AUTO. Detta steg vill vi komplettera med en genlista som vi behöver er hjälp med att ta fram. Denna genlista ska bestå av gener vilka är "gröna" på minst 1 PanelApp genlista. Kan det ordnas via deras hemsida (https://panelapp.genomicsengland.co.uk/) och open-API att månatligen automatiskt ladda ner en sådan genlista till Scout). Önskemål från Hans/Tord

ViktorHy commented 4 years ago

Nu finns PanelApp - Green på scout. Den kan dock inte uppdateras automatiskt just nu. Finns lite begränsningar i scouts databas. Tillsvidare sker det manuellt varje månad, om det inte löser sig snart. @TJO-Lund