DingWB / PyComplexHeatmap

PyComplexHeatmap: A Python package to plot complex heatmap (clustermap)
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使用DotClustermapPlotter函数报错 #85

Open z626093820 opened 1 week ago

z626093820 commented 1 week ago

您好,当我使用DotClustermapPlotter函数绘制以下数据时报错FloatingPointError: NaN dissimilarity value.,但是我查看了没有NAN值,请问是为什么?谢谢 image

import PyComplexHeatmap from PyComplexHeatmap import * import matplotlib.pylab as plt import pickle plt.figure(figsize=(8,8)) cm = DotClustermapPlotter(data=dfbleedingckx2,x='Geneid',y='variable',value='value') cm.ax_heatmap.grid(which='minor',color='white',linestyle='--',linewidth=1) plt.show()

DingWB commented 1 week ago

如果你把row_cluster和col_cluster设置成False,还会报错吗?你这里面虽然没有NAN,但是,对这个数据库进行pivot之后,就可能会有NaN了。比如,pivot到行:Geneid,列:variable,value:value之后的新数据库,里面应该会有NaN。你把row_cluster和col_cluster设置成False后,应该就不会报错

z626093820 commented 1 week ago

如果你把row_cluster和col_cluster设置成False,还会报错吗?你这里面虽然没有NAN,但是,对这个数据库进行pivot之后,就可能会有NaN了。比如,pivot到行:Geneid,列:variable,value:value之后的新数据库,里面应该会有NaN。你把row_cluster和col_cluster设置成False后,应该就不会报错

您好,谢谢,可以出图了。不过画出来的图为什么没有黑色边框,和事例中的不同,谢谢 image 例子: image

我的代码: cm = DotClustermapPlotter(data=dfbleedingckx2,x='Geneid',y='variable',value='value',c='value',s='value',row_cluster=False,col_cluster=False,spines=True,show_colnames=True,show_rownames=True) cm.ax_heatmap.grid(which='minor',color='white',linestyle='--',linewidth=1)