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GuoliangLi-HZAU / BatMeth2

BS-seq analysis pipeline
38 stars 12 forks source link

请问这里找不到日志文件是怎么回事？ #39

Open DharmaBums1991 opened 1 year ago

DharmaBums1991 commented 1 year ago

非常感谢作者开源自己开发的甲基化比对工具BatMeth2，我在使用默认pipeline比对流程中，发现最后一步生成报告的时候会在这个位置卡住。 image 可能是这个命令没有找到日志文件导致的。 image 目录下确实没有这两个文件，HTML只有标题。 请问这个需要怎么设置一下呢？

ZhouQiangwei commented 1 year ago

非常感谢您的使用，我检查了一下脚本逻辑是正常的，麻烦检查一下是否是最新的版本，可以搜一下src/calmeth.cpp是否有.methlog.txt来确定。

DharmaBums1991 commented 1 year ago

methlog.txt

image 请问是这里吗，这个脚本里是有的。但是单独运行calmeth脚本， 最后运行结束会报错，跟这个问题里面一样： https://github.com/GuoliangLi-HZAU/BatMeth2/issues/34#issuecomment-1477237223

DharmaBums1991 commented 1 year ago

image 重新运行，仍然会报错。

ZhouQiangwei commented 1 year ago

你好，我测试了一个数据，确实是会出现cp: 无法获取"./testN.log.txt，但是这个不影响结果。

image

麻烦检查一下bam文件、methratio文件是否是正常的，可以看一下最早出错的地方。

DharmaBums1991 commented 1 year ago

image image image

结果应该都正常，但是无法生成报告，我也不确定是哪里出问题了。