Use case: Put document - Githubissues

rockphotog commented 4 years ago

Skrive et dokument til journalsystem via FHIR API.

Samme metode bør kunne virke for både SMART on FHIR til EPJ, og eksternt, f.eks. fra VKP til (kommunal) EPJ.

Et dokument kan være

Binært, f.eks. en PDF
Strukturert, f.eks. FHIR Document/composition, f.eks. et enkelt notat
Vedlagt, eller referert til (DocumentReference).

Noen kilder: MedMij: https://informatiestandaarden.nictiz.nl/wiki/MedMij:V2018.02_FHIR_PDFA IHE MHD: https://wiki.ihe.net/index.php/Mobile_access_to_Health_Documents_(MHD) Cerner: https://fhir.cerner.com/millennium/dstu2/infrastructure/document-reference/

rockphotog commented 4 years ago

Litt av behovet for DocumentReference selv om man bruker Composition (og refererer til en Binary):

Unlike CDA, the context defined in the Composition (the confidentiality, subject, author, event, event period and encounter) apply to the composition and do not specifically apply to the resources referenced from the section.entry. There is no context flow model in FHIR, so each resource referenced from within a Composition expresses its own individual context. In this way, clinical content can safely be extracted from the composition.

(min utheving)

Kilde: https://www.hl7.org/fhir/composition.html

kennethmyhra commented 4 years ago

Eksempel på en Bundle av type transaction med to dokumenter, ett tekstdokument og ett binært PDF-dokument.

Eksemplene benytter Loinc-koder

Bundle inneholder:

to Binary-ressurser:
- Binary-ressurs B0B56521-7FC5-4F15-ABE0-3AEC42FF240C inneholder tekstdokumentet i base64-encoded format
- Binary-ressurs CB2ADB6F-06B0-458A-AA37-2B8B7CE4E17A inneholder PDF-dokumentet i base64-encoded format
to DocumentReference ressurser:
- Notat (tekstdokumentet):
- content refererer til Binary-ressursen B0B56521-7FC5-4F15-ABE0-3AEC42FF240C
- status: current
- docStatus: final
- type.coding = Loinc-verdien 51848-0 - Assessment note
- type.text tekstlig representasjon av type.coding Assessment note
- subject referanse til pasient
- author referanse til praktiserende
- authenticator referanse til den praktiserende (usikker på om vi skal bruke denne?)
- encounter referanse til konsultasjon
- Kopi av helseattest (PDF-dokumentet):
- content refererer til Binary-ressursen CB2ADB6F-06B0-458A-AA37-2B8B7CE4E17A
- status: current
- docStatus: final
- type.coding = Loinc-verdien 74465-6 - Questionnaire response Document
- type.text tekstlig representasjon av type.coding Questionnaire response Document
- subject referanse til pasient
- author referanse til praktiserende
- authenticator referanse til praktiserende (usikker på om vi skal bruke denne?)
- encounter referanse til konsultasjon

{
  "resourceType": "Bundle",
  "id": "urn:uuid:0138f9b0731c4c518aa19ea85bd4807a",
  "type": "transaction",
  "entry": [
    {
      "fullUrl": "urn:uuid:B0B56521-7FC5-4F15-ABE0-3AEC42FF240C",
      "resource": {
        "resourceType": "Binary",
        "contentType": "text/plain",
        "securityContext": {
          "reference": "urn:uuid:B0B56521-7FC5-4F15-ABE0-3AEC42FF240D"
        },
        "data": "UVhWMGIyZGxibVZ5WlhKMElHdHZibXRzZFhOcWIyNGdLeUJzWldkbGJuTWdaV2R1WlNCdWIzUmhkR1Z5"
      },
      "request": {
        "method": "POST",
        "url": "Binary"
      }
    },
    {
      "fullUrl": "urn:uuid:B0B56521-7FC5-4F15-ABE0-3AEC42FF240D",
      "resource": {
        "resourceType": "DocumentReference",
        "status": "current",
        "docStatus": "final",
        "type": {
          "coding": [
            {
              "system": "http://loinc.org",
              "code": "51848-0",
              "display": "Assessment note"
            }
          ],
          "text": "Assessment note"
        },
        "subject": {
          "reference": "Patient/123"
        },
        "date": "2019-11-25T08:25:18.406722+00:00",
        "author": [
          {
            "reference": "Practitioner/456"
          }
        ],
        "authenticator": {
          "reference": "Practitioner/456"
        },
        "content": [
          {
            "attachment": {
              "contentType": "text/plain",
              "url": "urn:uuid:B0B56521-7FC5-4F15-ABE0-3AEC42FF240C"
            }
          }
        ],
        "context": {
          "encounter": [
            {
              "reference": "Encounter/789"
            }
          ]
        }
      },
      "request": {
        "method": "POST",
        "url": "DocumentReference"
      }
    },
    {
      "fullUrl": "urn:uuid:CB2ADB6F-06B0-458A-AA37-2B8B7CE4E17A",
      "resource": {
        "resourceType": "Binary",
        "contentType": "application/pdf",
        "securityContext": {
          "reference": "urn:uuid:CB2ADB6F-06B0-458A-AA37-2B8B7CE4E17B"
        },
        "data": "SlZCRVJp(snipped for brevity)"
      },
      "request": {
        "method": "POST",
        "url": "Binary"
      }
    },
    {
      "fullUrl": "urn:uuid:CB2ADB6F-06B0-458A-AA37-2B8B7CE4E17B",
      "resource": {
        "resourceType": "DocumentReference",
        "status": "current",
        "docStatus": "final",
        "type": {
          "coding": [
            {
              "system": "http://loinc.org",
              "code": "74465-6",
              "display": "Questionnaire response Document"
            }
          ],
          "text": "Questionnaire response Document"
        },
        "subject": {
          "reference": "Patient/123"
        },
        "date": "2019-11-25T08:25:18.4113618+00:00",
        "author": [
          {
            "reference": "Practitioner/456"
          }
        ],
        "authenticator": {
          "reference": "Practitioner/456"
        },
        "content": [
          {
            "attachment": {
              "contentType": "application/pdf",
              "url": "urn:uuid:CB2ADB6F-06B0-458A-AA37-2B8B7CE4E17A"
            }
          }
        ],
        "context": {
          "encounter": [
            {
              "reference": "Encounter/789"
            }
          ]
        }
      },
      "request": {
        "method": "POST",
        "url": "DocumentReference"
      }
    }
  ]
}

rockphotog commented 4 years ago

Bli med i diskusjonen @jornsikkerbol - du hadde et godt argument for å bruke composition.

kennethmyhra commented 4 years ago

Eksempel på en Bundle av type document med en composition som inneholder en tekstseksjon + ett dokument som er type PDF-dokument.

Bundle inneholder:

En Composition-ressurs:
- En samling av notater og dokumenter i en gitt kontekst samlet i en komposisjon
- encounter referanse til konsultasjon
- title tittel som omfatter de samlede notatene og dokumentene (komposisjonen)
- Eksempel på en seksjon som inneholder tekst:
  - title tittelen på seksjonen
  - code.coding[x] = Loinc-verdien 51848-0 - Assessment note
  - code.text = tekstlig representasjon av code.coding Assessment note
  - text den faktiske teksten, konklusjon + ev. den praktiserende sine notater
- Eksempel på en seksjon som referer ett dokument:
  - title tittelen på seksjonen
  - code.coding = Loinc-verdien 47420-5 - Functional status assessment note
  - code.text = tekstlig representasjon av code.coding Functional status assessment note
  - entry referanse til DocumentReference med id CB2ADB6F-06B0-458A-AA37-2B8B7CE4E17B
en Binary-ressurs:
- Binary-ressurs CB2ADB6F-06B0-458A-AA37-2B8B7CE4E17A inneholder PDF-dokumentet i base64-encoded format
en DocumentReference-ressurs:
- Kopi av helseattest (PDF-dokumentet):
- content refererer til Binary-ressursen CB2ADB6F-06B0-458A-AA37-2B8B7CE4E17A
- status: current
- docStatus: final
- type.coding = Loinc-verdien 74465-6 - Questionnaire response Document
- type.text tekstlig representasjon av type.coding Questionnaire response Document
- subject referanse til pasient
- author referanse til praktiserende
- authenticator referanse til praktiserende (usikker på om vi skal bruke denne?)
- encounter referanse til konsultasjon

{
  "resourceType": "Bundle",
  "id": "urn:uuid:a5b6620bfe6c4dac985a11bc8de7ad91",
  "type": "document",
  "entry": [
    {
      "fullUrl": "urn:uuid:e1a0cac09f784f7688241c7f6b3ea035",
      "resource": {
        "resourceType": "Composition",
        "encounter": {
          "reference": "Encounter/123"
        },
        "title": "Helseattest førerkort",
        "section": [
          {
            "title": "Konklusjon/notat",
            "code": {
              "coding": [
                {
                  "system": "http://loinc.org",
                  "code": "51848-0",
                  "display": "Assessment note"
                }
              ],
              "text": "Assessment note"
            },
            "text": {
              "div": "Autogenerert konklusjon + legens egne notater"
            }
          },
          {
            "title": "Helseattest inkl. konklusjon",
            "code": {
              "coding": [
                {
                  "system": "http://loinc.org",
                  "code": "47420-5",
                  "display": "Functional status assessment note"
                }
              ],
              "text": "Functional status assessment note"
            },
            "entry": [
              {
                "reference": "urn:uuid:CB2ADB6F-06B0-458A-AA37-2B8B7CE4E17B"
              }
            ]
          }
        ]
      }
    },
    {
      "fullUrl": "urn:uuid:CB2ADB6F-06B0-458A-AA37-2B8B7CE4E17A",
      "resource": {
        "resourceType": "Binary",
        "contentType": "application/pdf",
        "securityContext": {
          "reference": "urn:uuid:CB2ADB6F-06B0-458A-AA37-2B8B7CE4E17B"
        },
        "data": "SlZCRV(snipped for brevity)"
      }
    },
    {
      "fullUrl": "urn:uuid:CB2ADB6F-06B0-458A-AA37-2B8B7CE4E17B",
      "resource": {
        "resourceType": "DocumentReference",
        "status": "current",
        "docStatus": "final",
        "type": {
          "coding": [
            {
              "system": "http://loinc.org",
              "code": "74465-6",
              "display": "Questionnaire response Document"
            }
          ],
          "text": "Questionnaire response Document"
        },
        "subject": {
          "reference": "Patient/123"
        },
        "date": "2019-11-25T08:25:21.3294991+00:00",
        "author": [
          {
            "reference": "Practitioner/456"
          }
        ],
        "authenticator": {
          "reference": "Practitioner/456"
        },
        "content": [
          {
            "attachment": {
              "contentType": "application/pdf",
              "url": "urn:uuid:CB2ADB6F-06B0-458A-AA37-2B8B7CE4E17A"
            }
          }
        ]
      }
    }
  ]
}

kennethmyhra commented 4 years ago

@rockphotog @jornsikkerbol eksempel med Composition

kennethmyhra commented 4 years ago

@rockphotog så din kommentar over først nå

the context defined in the Composition (the confidentiality, subject, author, event, event period and encounter) apply to the composition and do not specifically apply to the resources referenced from the section.entry.

Dette er et godt poeng. Composition er en komposisjon av ressurser (på ett eller annet tidspunkt) uavhengig av når de refererte ressursene ble opprettet eller hvem de igjen referer.

There is no context flow model in FHIR, so each resource referenced from within a Composition expresses its own individual context.

De refererte ressursene må uansett referere til subjekt, konsultasjon osv. uavhengig av Composition

rockphotog commented 4 years ago

Lloyd McKenzie "endorser" å putte base64-vedlegger rett i DocumentReference - ikke behov for Binary overhodet?

https://chat.fhir.org/#narrow/stream/179270-fhir.2Fdocuments/topic/Clinical.20Notes/near/174114877

kennethmyhra commented 4 years ago

Utsagnet kommer litt ut av det blå, jeg ser spørsmålet

Does this mean that an endorsed way to exchange a clinical note in FHIR is to use a DocumentReference resource with the content of the note as base 64 binary in DocumentReference.content.attachment.data?

Ser deretter LLoyd bekrefter med Yes, men hvor denne endorsement opprinnelig kommer fra klarer jeg ikke finne.

Gikk gjennom lenkede dokumenter og CR som var lenket til FHIR-14720, men finner fortsatt ikke opprinnelig endorsement. Ser også at det ikke er enighet om FHIR-14720, men lite informasjon om hva som ble diskutert.

Er det noe jeg ikke får med meg?

kennethmyhra commented 4 years ago

@rockphotog Kan du ta en titt på guiden + kodeverkene som benyttes her: http://hl7.org/fhir/us/core/2019Jan/clinical-notes-guidance.html

Kodene jeg tenker er av umiddelbar interesse er:

34117-2 History and physical note for helseattesten
11488-4 Consult note for journalnotat (løpende?)

kennethmyhra commented 4 years ago

https://chat.fhir.org/#narrow/stream/179270-fhir.2Fdocuments/topic/Clinical.20Notes/near/186882047

Stilt spørsmål om hvor denne "endorsement" er dokumentert
Også stilt spørsmål om definisjonen av "note"

Jeg kan forstå at dette forenkler tekstnotater og kan være en lur måte å gjøre det på, men det forenkler ikke binære dokumenter.

EDIT: svar på tråden over bekrefter at John Moerke ikke kjenner til en slik endorsement, ei heller finner jeg det i nåværende Clinical Notes Guidance notater.

HL7Norway / HelseAPI

Use case: Put document #7