Bacterial Rotation Data Analysis Script
This project analyzes the rotation data of bacteria. The input is binarized video data.
In rotation analysis, trajectories and time-series angular velocities are calculated, plotted, and saved as numerical values.
In fluctuation analysis, fluctuations are evaluated using a unique analysis method.
The following libraries are required for this project. Please install them using 'requirements.txt'.
pip3 install -r requirements.txt
Place the video data you want to analyze in the /data
directory.
config.ini
.
For more details on naming conventions, see the README in /data
.Navigate to the /scripts
directory and execute the ..._main.py
script.
For rotation analysis, run rotation_analysis_main.py
, and for fluctuation analysis, run fluctuation_analysis_main.py
. Use the file name in /data
as an argument.
For more details, see the README in /scripts
.
The analysis results are saved in the outputs/
directory. Centroid coordinates are in centroid_coordinate
, time-series angles and angular velocities are in angular_velocity
, and fluctuation analysis results are in fluctuation_analysis
.
For more details on the output results, see the README in /outputs
.
This project is licensed under the Creative Commons CC BY-NC-SA 4.0 License.
バクテリアの回転データ解析スクリプト
本プロジェクトでは,バクテリアの回転データを解析する.入力は二値化後の動画像データである.
回転解析では,トラジェクトリーや時系列角速度を算出し,プロット・数値の保存を行う.
揺らぎ解析では,独自の解析手法を用いた揺らぎ評価を行う.
本プロジェクトでは,以下のライブラリが必須である.'requirements.txt'を用いてインストールください.
pip3 install -r requirements.txt
/data
に解析したい動画データを配置.
config.ini
を設定
命名規則等の詳細は,/data
のREADMEに記載./scripts
に移動し,..._main.py
を実行する.
回転解析は,ratation_analysis_main.py
,揺らぎ解析はfluctuation_analysis_main.py
により実施する.引数は,/data
のファイル名にする.
詳細は/scripts
のREADMEに記載.
解析結果はoutputs/
に保存されている.重心座標はcentroid_coordinate
,時系列角度・角速度はangular_velocity
,揺らぎ解析はfluctuation_analysis
に保存されている,
出力結果の詳細は,/outputs
のREADMEに記載.
本プロジェクトは,クリエイティブ・コモンズ CC BY-NC-SA 4.0ライセンスの下で公開されています.