English version

BactRotAnalyzer

Bacterial Rotation Data Analysis Script

1. Overview

This project analyzes the rotation data of bacteria. The input is binarized video data.

1.1. Rotation Analysis

In rotation analysis, trajectories and time-series angular velocities are calculated, plotted, and saved as numerical values.

1.2. Fluctuation Analysis

In fluctuation analysis, fluctuations are evaluated using a unique analysis method.

2. Setup

The following libraries are required for this project. Please install them using 'requirements.txt'.

• numpy==1.24.4
• opencv-python==4.8.0
• pandas==2.0.3
• matplotlib==3.7.2

pip3 install -r requirements.txt

3. Execution

3.1. Preparing Data for Analysis

Place the video data you want to analyze in the /data directory.

• The data should be binarized AVI files.
• Configure config.ini. For more details on naming conventions, see the README in /data.

3.2. Running the Analysis Script

Navigate to the /scripts directory and execute the ..._main.py script.
For rotation analysis, run rotation_analysis_main.py, and for fluctuation analysis, run fluctuation_analysis_main.py. Use the file name in /data as an argument. For more details, see the README in /scripts.

3.3. Reviewing Analysis Results

The analysis results are saved in the outputs/ directory. Centroid coordinates are in centroid_coordinate, time-series angles and angular velocities are in angular_velocity, and fluctuation analysis results are in fluctuation_analysis.
For more details on the output results, see the README in /outputs.

License

This project is licensed under the Creative Commons CC BY-NC-SA 4.0 License.

CC BY-NC-SA 4.0

日本語バージョン

BactRotAnalyzer

バクテリアの回転データ解析スクリプト

1. 概要

本プロジェクトでは，バクテリアの回転データを解析する．入力は二値化後の動画像データである．

1.1. 回転解析

回転解析では，トラジェクトリーや時系列角速度を算出し，プロット・数値の保存を行う．

1.2. 揺らぎ解析

揺らぎ解析では，独自の解析手法を用いた揺らぎ評価を行う．

2. 実行環境設定

本プロジェクトでは，以下のライブラリが必須である．'requirements.txt'を用いてインストールください．

• numpy==1.24.4
• opencv-python==4.8.0.74
• pandas==2.0.3
• matplotlib==3.7.2

pip3 install -r requirements.txt

3. 実行方法

3.1. 解析用データの用意

/dataに解析したい動画データを配置．

• データは二値化したAVIデータ
• config.iniを設定 命名規則等の詳細は，/dataのREADMEに記載．

3.2. 解析スクリプトの実行

/scriptsに移動し，..._main.pyを実行する．
回転解析は，ratation_analysis_main.py，揺らぎ解析はfluctuation_analysis_main.pyにより実施する．引数は，/dataのファイル名にする． 詳細は/scriptsのREADMEに記載．

3.3. 解析結果の確認

解析結果はoutputs/に保存されている．重心座標はcentroid_coordinate，時系列角度・角速度はangular_velocity，揺らぎ解析はfluctuation_analysisに保存されている，
出力結果の詳細は，/outputsのREADMEに記載．

ライセンス

本プロジェクトは，クリエイティブ・コモンズ CC BY-NC-SA 4.0ライセンスの下で公開されています．

CC BY-NC-SA 4.0