Analiza podatkov s programom R, 2019/20

Repozitorij z gradivi pri predmetu APPR v študijskem letu 2019/20

• Shiny
• RStudio

Tematika

Izbrali si boste temo, s katero se bo vaš projekt ukvarjal. Tukaj boste napisali, kje ste dobili podatke, ter kakšen je vaš cilj.

Analiza bolniškega staleža v Sloveniji.

Raziskala bom letni bolniški stalež v Sloveniji glede na starost, spol in statistično regijo. Pogledala bom skupine bolezni, gospodarske dejavnosti ter razloge za bolniško odsotnost.

Za glavni vir podatkov bom imela Nacionalni inštitut za javno zdravje NIJZ: https://podatki.nijz.si/pxweb/sl/NIJZ%20podatkovni%20portal/?px_language=sl&px_db=NIJZ+podatkovni+portal&rxid=654d1805-716b-4850-9b81-8ba313857a41, kjer so podatki v obliki HTML, CSV in XLSX.

TABELE:

Tabela 1: Kazalniki bolniškega staleža po starosti: Kazalniki, Leto, Število primerov

Tabela 2: Kazalniki po razlogih bolniškega staleža: Razlogi, Kazalniki, Leto, Število primerov

Tabela 3: Kazalniki bolniškega staleža po statističnih regijah: Regija, Kazalniki, Leto, Število primerov

Tabela 4: Izgubljeni koledarski dnevi po gospodarskih dejavnosti: Gospodarska dejavnost, Kazalniki, Leto, Število primerov

Z analizo želim ugotoviti, v katerih regijah in gospodarskih dejavnosti prihaja do največje odsotnosti od dela, ter kaj so glavni razlogi zanjo.

Program

Glavni program in poročilo se nahajata v datoteki projekt.Rmd. Ko ga prevedemo, se izvedejo programi, ki ustrezajo drugi, tretji in četrti fazi projekta:

• obdelava, uvoz in čiščenje podatkov: uvoz/uvoz.r
• analiza in vizualizacija podatkov: vizualizacija/vizualizacija.r
• napredna analiza podatkov: analiza/analiza.r

Vnaprej pripravljene funkcije se nahajajo v datotekah v mapi lib/. Podatkovni viri so v mapi podatki/. Zemljevidi v obliki SHP, ki jih program pobere, se shranijo v mapo ../zemljevidi/ (torej izven mape projekta).

Potrebni paketi za R

Za zagon tega vzorca je potrebno namestiti sledeče pakete za R:

• knitr - za izdelovanje poročila
• rmarkdown - za prevajanje poročila v obliki RMarkdown
• shiny - za prikaz spletnega vmesnika
• DT - za prikaz interaktivne tabele
• rgdal - za uvoz zemljevidov
• rgeos - za podporo zemljevidom
• digest - za zgoščevalne funkcije (uporabljajo se za shranjevanje zemljevidov)
• readr - za branje podatkov
• rvest - za pobiranje spletnih strani
• tidyr - za preoblikovanje podatkov v obliko tidy data
• dplyr - za delo s podatki
• gsubfn - za delo z nizi (čiščenje podatkov)
• ggplot2 - za izrisovanje grafov
• mosaic - za pretvorbo zemljevidov v obliko za risanje z ggplot2
• maptools - za delo z zemljevidi
• extrafont - za pravilen prikaz šumnikov (neobvezno)

Binder

Zgornje povezave omogočajo poganjanje projekta na spletu z orodjem Binder. V ta namen je bila pripravljena slika za Docker, ki vsebuje večino paketov, ki jih boste potrebovali za svoj projekt.

Če se izkaže, da katerega od paketov, ki ji potrebujete, ni v sliki, lahko za sprotno namestitev poskrbite tako, da jih v datoteki install.R namestite z ukazom install.packages. Te datoteke (ali ukaza install.packages) ne vključujte v svoj program - gre samo za navodilo za Binder, katere pakete naj namesti pred poganjanjem vašega projekta.

Tako nameščanje paketov se bo izvedlo pred vsakim poganjanjem v Binderju. Če se izkaže, da je to preveč zamudno, lahko pripravite lastno sliko z želenimi paketi.

Če želite v Binderju delati z git, v datoteki gitconfig nastavite svoje ime in priimek ter e-poštni naslov (odkomentirajte vzorec in zamenjajte s svojimi podatki) - ob naslednjem zagonu bo mogoče delati commite. Te podatke lahko nastavite tudi z git config --global v konzoli (vendar bodo veljale le v trenutni seji).