madDog

Création d'une application cartographique basée sur le Mviewer pour le suivi littoral en Bretagne

En remplacement du site : http://menir.univ-brest.fr/maddog/

Nouvelle application -> https://portail.indigeo.fr/mviewer/#maddog

Description des répertoires

Répertoires du projet :

• mviewer : Configuration de l'application mviewer
• vrt : script permettant l'intégration des données en base
• api : le binaire de postrest pour accès aux données via API Rest
• data : élements supplémentaires nécessaire au rendu ou à l'installation
• database : script de création des tables et vues nécessaire à l'application
• formupload : la page et le wps permettant l'upload des données

La plateforme MADDOG adossée à l’Infrastructure de Données Géographiques INDIGEO permet la mise à disposition et la visualisation des données relatives à l’évolution du trait de côte (falaises, plages, systèmes dunaires, embouchures).

Les données diffusées sont acquises à la fois par plusieurs laboratoires de recherche de l’Institut Universitaire Européen de la Mer et par les collectivités locales partenaires de l’observatoire OSIRISC-Litto’Risques.

Cette plateforme a une double vocation, académique pour la recherche scientifique et la formation, et d’appui à la définition des politiques de gestion et de prévention des risques côtiers d’érosion et de submersion marine.

La refonte de cette plateforme est réalisée grâce au projet INTERREG AGEO (Plateforme Atlantique pour la Gestion des Géo-aléas et des Risques, financé par le FEDER (Fonds Européen de Développement Régional).

Fonctionnement MNT

Fichiers d'entrées

Un MNT est affiché via un Raster (.TIF) généré à partir d'un fichiers de points (CSV).

Ces CSV sont localisées dans les répertoires MNT de chaque site (e.g /data/MADDOG/VOUGOT/MNT1/202203230901857651129/MNT1_VOUGOT_20170825.csv).

Comme prévu, le CSV doit être accompagné d'un fichier .meta pour être correctement calculé et utilisable.

Interpolation

A partir des CSV, Ce TIF est obtenu par interpolation (IDW) via l'outil gdal_grid de la bibliothèque JAVA GDAL.

Les CSV sont donc transformés en GeoJSON via un VRT (voir ce fichier) afin que les champs x, y et z soient correctement exploités par l'outil gdal_grid car la valeur d'élévation est nécessaire en tant que champ disponible pour l'interpolation.

• La configuration est localisée ici :

https://github.com/jdev-org/madDog/blob/main/vrt/config-sample.sh

• Vous trouverez la commande d'interpolation GDAL et le script ici :

https://github.com/jdev-org/madDog/blob/main/vrt/vrt2Postgis.sh#L60

En fin de process, les TIF sont disponibles dans le répertoire /data/MADDOG/imagemosaic/mnt.

Imagemosaic

La fonctionnalité Image mosaic de GeoServer est utilisée pour exploiter tous les MNT (.TIF) au sein d'un seul entrepôt. Avec ce système, il devient possible d'iinterroger un flux WMS par date (dimension temporelle) et par localisation (voir documentation GeoServer) à l'aide d'une requête WMS classique (+ filtre CQL + paramètre TIME) :

&TIME="2017-05-01"&CQL_FILTER=location like '%VOUGOT%'

• Paramétrage de l'image mosaic

1. les TIF doivent être dans le même répertoire /imagemosaic/mnt (vidé au préalable)

2. Une expression régulière doit permettre de récupérer la date dans le nom du TIFF

Ex: VOUGOT_20020115 regex=[0-9]{8}

La RegEx est localisée dans le fichier timeregex.properties, lui même doit être dans le même répertoire que les TIF (/imagemosaic/mnt). Les noms des TIF doivent avoit la même structure.

3. Le fichier de configuration indexer.properties doit permettre d'indexer tous les fichiers

Les paramètres sont localisés le fichier indexer.properties, lui même doit être dans le même répertoire que les TIF (/imagemosaic/mnt).

4. Aucun autre fichier ne doit être présent dans le répertoire /imagemosaic/mnt

GeoServer s'occupera de générer un SHP contenant les informations location et ingestion (date). Le champ location est utilisable dans le CQL_FIlter. Le cahmp ingestion est utilisable dans le paramètre TIME de l'URL via la dimension temporelle de la couche.

Il est possible d'utiliser une table à la place du SHP (Voir la documentation pour plus d'infos)

5. Configuration de l'entrepôt imagemosaic

• Paramètre de connexion URL (se termine avec un /) : file:///data/MADDOG/imagemosaic/mnt/

6. Configuration de la couche

Paramètres de la couverture

• Cocher Multithreaded granule loading (disable JAI ImageRead to use it)
• Bands ==> 1
• Granule Sorting ==> ingestion D

Dimension

• Cocher Enabled pour la dimension Temps
• Présentation ==> Liste
• Valeur par défaut ==> Use the biggest domain value
• Cocher Nearest Match

7. Choisir le style dans l'onglet "Publication"

8. Sauvegarder

Nettoyer et relancer le calcul des fichiers et des tables

Avec des droits root :

1. Nettoyer le répertoire /imagemosaic/mnt

cd /data/MADDOG/imagemosaic/mnt
rm mnt.*
rm *.tiff
rm *.dat

2. Rajouter les fichiers indexer.properties et timeregex.properties si absents

3. Vider le fichier /app/madDog/vrt/lastUpdateDate.lock

>/app/madDog/vrt/lastUpdateDate.lock

4. Génération des tables en base de données

cd /app/madDog/database
./createdatabase.sh

5. Génération des données et fichiers

cd /app/madDog/vrt
./integrateData.sh