Transcriptome

Analyse de données transcriptomiques.

Contient :

• le package d'analyse SIMA (SImple Microarray Analysis).
• une ébauche d'application shiny pour visualiser le profil d'expression d'un gène dans plusieurs jeux de données à la fois.

Nomenclature des fichiers

• 01_ :arrow_right: normalisation.
• 02_ :arrow_right: analyse différentielle.
• 03_ :arrow_right: plots.
• 04_ :arrow_right: annotation.
• 05_ :arrow_right: écriture des tables.

Pour tester SIMA sans re-générer le Package

rm(list=ls())
setwd("~/git/transcriptome")

require(devtools)
require(roxygen2)

# load SIMA (dev) 
load_all("SIMA")

# generate documentation
document("SIMA")