Nextflow, ölçeklenebilir, taşınabilir ve tekrarlanabilir iş akışları oluşturmak için kullanılan bir iş akışı sistemidir. Veri akışı programlama modeline dayanmaktadır ve paralel ve dağıtık hatlar yazmayı büyük ölçüde basitleştirir. Bu sayede veri ve hesaplamanın akışına odaklanmanızı sağlar.
Nextflow, iş akışlarını yerel makineniz, HPC zamanlayıcıları, AWS Batch, Azure Batch, Google Cloud Batch ve Kubernetes gibi çeşitli yürütme platformlarına dağıtabilir. Ayrıca, Conda, Spack, Docker, Podman, Singularity ve daha birçok yöntemle yazılım bağımlılıklarını yönetmeyi destekler.
Nextflow is a workflow system for creating scalable, portable, and reproducible workflows. It is based on the dataflow programming model, which greatly simplifies the writing of parallel and distributed pipelines, allowing you to focus on the flow of data and computation.
Nextflow can deploy workflows on a variety of execution platforms, including your local machine, HPC schedulers, AWS Batch, Azure Batch, Google Cloud Batch, and Kubernetes. Additionally, it supports many ways to manage your software dependencies, including Conda, Spack, Docker, Podman, Singularity, and more.
Nextflow, dağınık ve paralel veri işleme iş akışlarını yönetmek için kullanılır. Başlıca özellikleri şunlardır: / Nextflow is used to manage distributed and parallel data processing workflows. Its main features include:
Modüler İş Akışları / Modular Workflows: Her işlemi ayrı bir modül olarak tanımlama ve birleştirme olanağı sunar. / It allows defining and combining each task as a separate module.
Yeniden Kullanılabilirlik / Reusability: Bir defa tanımlanan iş akışlarını kolayca yeniden kullanabilirsiniz. / Workflows defined once can be easily reused.
Paralel İşleme / Parallel Processing: İşlemleri aynı anda veya sırayla çalıştırabilir, böylece performansı artırabilirsiniz. / Processes can be run concurrently or sequentially to improve performance.
Dağınık Hesaplama / Distributed Computing: Birden fazla bilgisayarı veya bulut kaynağını kullanarak işlemleri dağıtabilir. / Tasks can be distributed across multiple machines or cloud resources.
Yeniden Başlatma Yeteneği / Restart Capability: İşlemler hata aldığında veya kesintiye uğradığında kaldığı yerden devam edebilir. / Processes can resume from where they left off in case of errors or interruptions.
Hata İzleme ve Hata Ayıklama / Error Monitoring and Debugging: İş akışlarını izlemek ve hataları gidermek için kolay araçlar sunar. / Provides easy-to-use tools for monitoring workflows and debugging errors.
Kurulum için aşağıdaki dökümanı kullanabilirsiniz:
Örnek bir iş akışı oluşturmak için ise aşağıdaki döküman: