Analiza podatkov s programom R, 2019/20

Repozitorij z gradivi pri predmetu APPR v študijskem letu 2019/20

• Shiny
• RStudio

COVID-19 v Sloveniji in po svetu

V projektu bom analiziral število obolelih in število testiranj za COVID-19. V prvem sklopu se bom osredotočil na Slovenijo v drugem pa na podatke iz celotnega sveta.

Tabele:

1. Tabela 1: COVID-19 v Sloveniji

   • datum - spremenljivka: datum,
   • rutinsko.dnevno - meritev: število rutinskih testiranj dnevno,
   • raziskava.dnevno - meritev: število testiranjv sklopu raziskave dnevno,
   • moski - spremenljivka: število pozitivnih testov moških,
   • zenske - spremenljivka: število pozitivnih testov žensk,
   • 'delovni.dan' - logični operator: nakazuje ali je delovni dan ali vikend.

2. Tabela 2: COVID-19 po Svetu

   • date - spremenljivka: datum,
   • location - spremenljivka: država,
   • new_tests - meritev: število novih dnevnih testov,
   • continent - spremenljivka: celina,
   • iso_code -spremenljivka: krajšava države,
   • total cases - meritev: število vseh potrjenih primerov,
   • total_deaths - meritev: število vseh smrti,
   • total_deaths_per_million - meritev: število smtrni na milijon prebivalcev,
   • total_cases_per_million - meritev: število vseh primerov na milijon prebivalcev,
   • life_expectancy - spremenljivka: pričakovana življenska doba,
   • extreme_poverty - spremenljivka: odstotek izjemno revnega prebivalstva.
   • population - spremenljivka: število prebivalcev države,
   • median age - spremenljivka: medianska starost prebivalstva,
   • aged 65 or older - spremenljivka: odstotek ljudi, ki so starejši od 65 let,
   • aged 70 or older - spremenljivka: odstotek ljudi, ki so starejši od 70 let
   • diabetics preveilance - spremenljivka: prebivalstvo z Diabetesom.

3. Tabela 3: Populacija celin

   • population_continent -spremenljivka: prebivalci celine,
   • continent - spremenljivka: celina.

Program

Glavni program in poročilo se nahajata v datoteki projekt.Rmd. Ko ga prevedemo, se izvedejo programi, ki ustrezajo drugi, tretji in četrti fazi projekta:

• obdelava, uvoz in čiščenje podatkov: uvoz/uvoz.r
• analiza in vizualizacija podatkov: vizualizacija/vizualizacija.r
• napredna analiza podatkov: analiza/analiza.r

Vnaprej pripravljene funkcije se nahajajo v datotekah v mapi lib/. Podatkovni viri so v mapi podatki/. Zemljevidi v obliki SHP, ki jih program pobere, se shranijo v mapo ../zemljevidi/ (torej izven mape projekta).

Potrebni paketi za R

Za zagon tega vzorca je potrebno namestiti sledeče pakete za R:

• knitr - za izdelovanje poročila
• rmarkdown - za prevajanje poročila v obliki RMarkdown
• shiny - za prikaz spletnega vmesnika
• DT - za prikaz interaktivne tabele
• rgdal - za uvoz zemljevidov
• rgeos - za podporo zemljevidom
• digest - za zgoščevalne funkcije (uporabljajo se za shranjevanje zemljevidov)
• readr - za branje podatkov
• rvest - za pobiranje spletnih strani
• tidyr - za preoblikovanje podatkov v obliko tidy data
• dplyr - za delo s podatki
• gsubfn - za delo z nizi (čiščenje podatkov)
• ggplot2 - za izrisovanje grafov
• mosaic - za pretvorbo zemljevidov v obliko za risanje z ggplot2
• maptools - za delo z zemljevidi
• tmap - za izrisovanje zemljevidov
• extrafont - za pravilen prikaz šumnikov (neobvezno)

Binder

Zgornje povezave omogočajo poganjanje projekta na spletu z orodjem Binder. V ta namen je bila pripravljena slika za Docker, ki vsebuje večino paketov, ki jih boste potrebovali za svoj projekt.

Če se izkaže, da katerega od paketov, ki ji potrebujete, ni v sliki, lahko za sprotno namestitev poskrbite tako, da jih v datoteki install.R namestite z ukazom install.packages. Te datoteke (ali ukaza install.packages) ne vključujte v svoj program - gre samo za navodilo za Binder, katere pakete naj namesti pred poganjanjem vašega projekta.

Tako nameščanje paketov se bo izvedlo pred vsakim poganjanjem v Binderju. Če se izkaže, da je to preveč zamudno, lahko pripravite lastno sliko z želenimi paketi.

Če želite v Binderju delati z git, v datoteki gitconfig nastavite svoje ime in priimek ter e-poštni naslov (odkomentirajte vzorec in zamenjajte s svojimi podatki) - ob naslednjem zagonu bo mogoče delati commite. Te podatke lahko nastavite tudi z git config --global v konzoli (vendar bodo veljale le v trenutni seji).