Module - Stratégie Conservation

Module GeoNature d'aide à la Stratégie de Conservation (CS) du réseau Flore Sentinelle (projet SCALP), piloté par le CBNA.

Installation

• Installez GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature) en version 2.7.5 ou supérieure.
• Téléchargez la dernière version stable du module (wget https://github.com/cbn-alpin/gn_module_conservation_strategy/archive/X.Y.Z.zip) dans /home/${USER}/
• Dézippez la dans /home/${USER}/ (unzip X.Y.Z.zip)
• Placez-vous dans le répertoire backend de GeoNature et lancez les commandes suivantes (le code du module est "CONSERVATION_STRATEGY") :

    source venv/bin/activate
    geonature install_gn_module <mon_chemin_absolu_vers_le_module> <code_du_module>
    # Exemple : geonature install_gn_module /home/`whoami`/gn_module_conservation_strategy-X.Y.Z CONSERVATION_STRATEGY

• Créer le fichier bin/config/settings.ini et y stocker le chemin vers le fichier de configuration de GeoNature. Vous pouvez maintenant (optionel) surcoucher éventuellement un des paramètres présent dans le fichier bin/config/settings.default.ini en le copiant dans bin/config/settings.ini pour l'y modifier.
• Réaliser les imports nécessaires au fonctionnement du module à l'aide des scripts présents dans le dossier bin/ pour :
  • les territoires
  • les taxons prioritaires
• Vous trouverez plus d'informations sur l'importation de données et ces scripts dans la documentation qui leur est dédiée.
• Complétez la configuration du module dans le fichier config/conf_gn_module.toml (créé lors de l'installation du module) en surcouchant les valeurs par défaut présentes dans le fichier config/conf_gn_module.sample.toml:
  • Ensuite, relancez la mise à jour de la configuration du module :
  • Se rendre dans le répertoire geonature/backend
  • Activer le venv (si nécessaire) : source venv/bin/activate
  • Lancer la commande de mise à jour de configuration du module : geonature update-module-configuration CONSERVATION_STRATEGY
• Une fois le module installé et configuré, il vous faudra l'activer avec : geonature activate-gn-module CONSERVATION_STRATEGY
• Vous pouvez sortir du venv en lançant la commande deactivate

Interaction avec TaxHub

Le module Stratégie Conservation utilise les informations stokées dans les attributes "Description", "Commentaires" du thème Atlas. Il se charge aussi d'ajouter deux nouveaux attributs à TaxHub sur le thème Atlas : Écologie et Chorologie texte. Enfin, il ajoute aussi son propre thème "Strat. Conservation" qui contient l'attribut "Méthode de suivi préconisée".

Désinstallation

⚠️ ATTENTION : la désinstallation du module implique la suppression de toutes les données associées. Assurez vous d'avoir fait une sauvegarde de votre base de données au préalable.

Suivez la procédure suivante :

1. Rétrograder la base de données pour y enlever les données spécifiques au module :

   geonature db downgrade conservation_strategy@base

2. Désinstaller le package du virtual env :

   pip uninstall gn-module-conservation-strategy

   • Possibilité de voir le nom du module avec : pip list
3. Supprimer la ligne relative au module dans gn_commons.t_modules
4. Supprimer le lien symbolique du module dans les dossiers :
   • geonature/external_modules
   • geonature/frontend/src/external_assets/
5. Mettre à jour le frontend :

   geonature update-configuration --build false && geonature generate-frontend-tsconfig && geonature generate-frontend-tsconfig-app && geonature generate-frontend-modules-route

Déploiement sur Flore Sentinelle

En mode développement

• Se placer dans le dossier du module : cd ~/workspace/cbna/scalp/gn_module_conservation_strategy
• Uploader le code (supprimer l'option --dry-run si tout est ok) : rsync -av --exclude-from ./.rsync-exclude.txt ./ geonatureadmin@<ip-serveur>:~/gn_modules_conservation_strategy/ --dry-run
  • Le fichier .rsync-exclude.txt contient les noms des fichiers et dossiers qui seront exclus de la synchronisation.
  • Penser à modifier les chemins du module local et sur le serveur si vos chemins sont différents.
• Lors du premier déploiement suivre les étapes d'installation du module décrites ci-dessus.
• Lors des synchronisations suivante :
  • si la base de données est modifiée, la mettre à jour avec :

    geonature db upgrade conservation_strategy@head

  • recompiler le module en relançant sa configuration dans le venv du backend de GeoNature : geonature update-module-configuration CONSERVATION_STRATEGY

Licence

• Licence OpenSource GPL v3
• Copyleft 2021 - Conservatoire Botanique National Alpin