deces_europe

Programme R pour créer des analyses des décèes en Europe.

Ce projet a pour vocation de télécharger les données en temps réel depuis les fournisseurs de données officiels.

Utiliser au choix :

• RStudio : Facile à installer, mais IHM plus figée

• Eclipse : Plus complexe à installer, mais plus puissant (si on connaît déjà Eclipse) et configurable (Colorisation Syntaxique)

  • installer R

  • installer Plugin StatET et

  • suivre les instructions sur https://gitlab.com/walware/de.walware.rj-server.gr/-/wikis/Installation (a exécuter dans R)

  • Installer Pandoc (https://pandoc.org/installing.html ou utiliser celui installé par RStudio) pour la génération Knitr

  • Configurer l'appel à Knitr et Pandoc : https://www.r-bloggers.com/2017/10/processing-rmarkdown-documents-with-eclipse-and-statet/

  • Après l'install de l'ensemble, rebooter Windows !

  • Ressources Eclipse/StatET

    • Raccourcis clavier : http://jeromyanglim.blogspot.com/2009/10/tips-for-using-statet-and-eclipse-for.html
    • Bon guide Eclipse/StatET : http://baderlab.org/DanieleMerico/HowtoDirectory/EclipseRplugin%3Faction%3DAttachFile%26do%3Dget%26target%3DR_Eclipse_StatET_manual.pdf

La toute première fois, exécuter ceci pour installer les librairies :

• 000_install_libraries.R

Ensuite, pour tout exécuter :

• 002_run_all.R

Par la suite, pour exécuter ou ré-exécuter certains fichiers :

• 010_creation_tables_deces_europe.R
• 020_analyses_eurostat.R
• 030_analyse_deces_hebdomadaires.R
• 040_deces_francais.R
• 050_delivrance_medicaments.R
• 060_SIRD.r

Pour générer l'article en HTML, executer ensuite :

• 110_la_mortalite_en_europe.Rmd

Puis générer le HTML avec le bouton "Knit to HTML" :

• 110_la_mortalite_en_europe.Rmd

CODE

Conventions de nommage des variables :

• es_ : EuroStat
• eu_ : www.ecdc.europa.eu
• owid_ : OurWorldInData