gdTCR-MOCCA
Distance approach
- Gridsearch mit Penalisierung (elasticnet)
- Cox-Regression
- Klassifikation von OS, PFS und responder vs. non-responder
- Consensus Sequenzen in UMAP anzeigen
k-mer approach
- Pipeline fertigstellen
- Shannon vs. Simpson index
- Ähnliche k-mers zusammenfassen: Reduziertes AS Alphabet, Partitoinierung im Graph, ...
- Konkatenieren von unterschiedlichen k-mer Längen
- Differenz der k-mer counts in BL-FU Paaren als Feature für Cox-Regression
Insgesamt die Analysen auch für delta2-negativen Datensatz ausprobieren.
Literatur
Spectral Clusterin I, Spectral Clustering II, Luxburg - Spectral Clustering Tutorial, Spectral Clusterin III