sivirep: Generación automatizada de reportes a partir de bases de datos de vigilancia epidemiológica

sivirep es desarrollado por la Pontificia Universidad Javeriana como parte de la iniciativa Epiverse.

La versión actual de sivirep 0.0.9 proporciona funciones para la manipulación de datos y la generación de reportes automatizados basados en las bases de datos individualizadas de casos de SIVIGILA, que es el sistema oficial de vigilancia epidemiológica de Colombia.

Motivación

América Latina ha progresado en la calidad de sus sistemas de notificación y vigilancia epidemiológica. En particular, Colombia ha mejorado a lo largo de los años la calidad, la accesibilidad y la transparencia de su sistema oficial de vigilancia epidemiológica, SIVIGILA. Este sistema está regulado por el Instituto Nacional de Salud de Colombia y es operado por miles de trabajadores de la salud en las secretarías de salud locales, hospitales y unidades primarias generadoras de datos.

Sin embargo, todavía existen desafíos, especialmente a nivel local, en cuanto a la oportunidad y la calidad del análisis epidemiológico y de los informes epidemiológicos. Estas tareas pueden requerir una gran cantidad de trabajo manual debido a limitaciones en el entrenamiento para el análisis de datos, el tiempo que se requiere invertir, la tecnología y la calidad del acceso a internet en algunas regiones de Colombia.

El objetivo de sivirep es proporcionar un conjunto de herramientas para:

1) Descargar, preprocesar y preparar los datos de SIVIGILA para su posterior análisis. 2) Generar informes epidemiológicos automatizados adaptables al contexto. 3) Proporcionar retroalimentación sobre el sistema de vigilancia al proveedor de la fuente de datos.

Potenciales usuarios

• Profesionales de salud pública y de epidemiología de campo que utilizan la fuente de datos de SIVIGILA a nivel local.
• Estudiantes del área de la salud y epidemiología.
• Investigadores y analistas de datos a nivel nacional e internacional.

Versiones futuras

Las versiones futuras de sivirep podrían incluir:

• Interacción con otras fuentes de datos en Colombia.
• Otros sistemas de vigilancia epidemiológica en América Latina.

Contribuciones

Las contribuciones son bienvenidas via pull requests.

Los contribuyentes al paquete incluyen:

Autores: Geraldine Gómez-Millán, Zulma M. Cucunubá, Jennifer A. Mendez-Romero y Claudia Huguett-Aragón

Contribuyentes: Hugo Gruson, Juanita Romero-Garcés, Andrés Moreno, Miguel Gámez, Laura Gómez-Bermeo, Johan Calderón, Lady Flórez-Tapiero, Verónica Tangarife-Arredondo y Gerard Alarcon

Código de conducta

Por favor, ten en cuenta que el proyecto sivirep se publica con un Código de Conducta para Contribuyentes. Al contribuir a este proyecto, aceptas cumplir con sus términos.

Instalación

Puedes instalar la versión de desarrollo de sivirep desde GitHub con el siguiente comando:

install.packages("pak")
pak::pak("epiverse-trace/sivirep")

Inicio rápido

Puedes iniciar importando el paquete después de finalizada su instalación con el siguiente comando:

library(sivirep)

Puedes revisar las enfermedades y los años disponibles para su descarga de forma libre utilizando:

lista_eventos <- list_events()
knitr::kable(lista_eventos)

Reporte automatizado

Actualmente, sivirep provee una plantilla de reporte llamada Reporte Básico {sivirep}, la cual recibe los siguientes parámetros de entrada: el nombre de la enfermedad, el año, el nombre de departamento (opcional) y nombre del municipio (opcional) para descargar los datos de la fuente de SIVIGILA.

Para hacer uso de la plantilla del reporte puedes seguir los siguientes pasos:

El reporte que obtendrás al utilizar la plantilla de sivirep es este:

Si deseas generar el reporte en formato PDF debes instalar LateX. Puedes instalarlo siguiendo las instrucciones que se encuentran en R Markdown Cookbook.