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Material for the practical course on reproducibility of scientific analysis (plan de formación CSIC 2022)
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Definir equipo de trabajo 3 #19

Open ldarriba opened 2 years ago

ldarriba commented 2 years ago

Para el ejercicio de la segunda sesión, comentad aquí el tipo de análisis que vais hacer, el nombre del equipo y las herramientas que preferís usar. Tenéis que llegar a un consenso que sea útil para todo el equipo.

En el equipo 3 participan:

Sandra Martínez-Turiño @SandMT Laura Montosa @lmontosah Bruno Moreira @brjmoreira Domingo Rojas Barros @DomiRojas María José Olmo Uceda

brjmoreira commented 2 years ago

Hola equipo @SandMT @lmontosah @DomiRojas. No tengo muy claro lo que hay que hacer. Sabéis que tipos de análisis y herramientas hay? Hago una propuesta, que quizás me podía ser útil. Puede que también lo sea para vosotros. Pero no sé si cuadra con el objetivo de la tarea. Tener un repositorio con una base de datos (o varias), con metadatos y un script (de R?) para analizar esos datos. Bien. aquí mi aportación para empezar la discusión

lmontosah commented 2 years ago

Buenos días a todos y gracias por tu aportación. La verdad es que la agradezco y por mí sería válido, a ver qué dicen el resto. Estoy un poco igual que tú, sin tener muy claro nada en este curso. Si a todos les parece bien, podemos plantearlo junto con el nombre del grupo o precio consultar a Laura, que es la que nos envía el correo de los ejercicios, si esa le parece una buena propuesta, justo por lo que dices, por saber que vamos en buena linea. Gracias

El mar., 12 abr. 2022 7:56, brjmoreira @.***> escribió:

Hola equipo. No tengo muy claro lo que hay que hacer. Sabéis que tipos de análisis y herramientas hay? Hago una propuesta, que quizás me podía ser útil. Puede que también lo sea para vosotros. Pero no sé si cuadra con el objetivo de la tarea. Tener un repositorio con una base de datos (o varias), con metadatos y un script (de R?) para analizar esos datos. Bien. aquí mi aportación para empezar la discusión

— Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/spsrc/reproducibility-course/issues/19#issuecomment-1096113903, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AYO3QA4J2U2M2I7BFTM4IXTVEUF65ANCNFSM5TCYGHWA . You are receiving this because you were mentioned.Message ID: @.***>

DomiRojas commented 2 years ago

Buenos días. Me parece buena idea. Si Laura (@ldarriba) nos da el visto bueno, puede ser una buena línea de trabajo. Un saludo a tod@s!

SandMT commented 2 years ago

Hola @lmontosah, @brjmoreira, @DomiRojas, Sobre lo que ha propuesto @brjmoreira, tengo que decir que crear un repositorio con metadatos me parece bien, pero no tengo experiencia alguna generando scripts de novo. ¿Qué tipo de análisis proponéis? Yo puedo aportar alguna base de datos de RNA Seq, que he compilado para hacer sobre ellas blast usando comandos específicos... y poco más. No tengo soltura escribiendo comandos y las he pasado canutas haciendo que esto me funcione. También tendríamos que contactar a María José Olmo Uceda, que no veo su usuario GitHub. Un saludo a todos y gracias por romper el hielo

ldarriba commented 2 years ago

Buenos días. Me parece buena idea. Si Laura (@ldarriba) nos da el visto bueno, puede ser una buena línea de trabajo. Un saludo a tod@s!

¡Buena propuesta, adelante!

MJmaolu commented 2 years ago

Hola a tod@s! Disculpad el retraso. Soy MJosé, voy a intentar ponerme al día con el curso porque he estado fuera estas dos primeras sesiones y voy perdida. Lo que habéis planteado me parece fenomenal, gracias por la iniciativa.

Un saludo

brjmoreira commented 2 years ago

Entiendo que por ahora solo teníamos que discutir el tipo de análisis que haremos, el nombre del equipo y las herramientas que preferimos usar y que solo tenemos que hacerlo durante el curso del próximo miércoles (crear repositorio, etc). Verdad? Creo que ya tenemos más o menos claro el tipo de análisis y herramientas (base de datos con metadatos y un script sencillo para analizar esos datos). A ver que podemos hacer con esto el miércoles :) Nos queda por definir el nombre del equipo. Propuestas? Aquí la mía, "T3am" (de team 3) por decir algo. Seguro que podéis hacer mejor :)

SandMT commented 2 years ago

Tenemos que crear un repositorio o un nuevo projecto? ¿Lo crea alguien y nos da acceso al resto como colaboradores? No tengo claro que herramientas vamos a usar

lmontosah commented 2 years ago

Buenas a todos,

De cara a mañana y por ir concretando. Hago propuestas por si os parece

Nombre del equipo: Salabrudoma (iniciales de cada uno). Si hay alguien a quien se le ocurra otro es totalmente cambiable yo tengo muy poca imaginación. Tipo de análisis: Repositorio de bases de datos para análisis Herramientas

Esto último es lo que no tengo claro, no sé si alguno de vosotros o Laura nos puede ayudar. Entiendo para hoy era iniciar esto y crear repositorio y demás será en la sesión, pero también sería interesante si Laura nos aclarase.

Un saludo y el

El mar., 12 abr. 2022 7:56, brjmoreira @.***> escribió:

Hola equipo. No tengo muy claro lo que hay que hacer. Sabéis que tipos de análisis y herramientas hay? Hago una propuesta, que quizás me podía ser útil. Puede que también lo sea para vosotros. Pero no sé si cuadra con el objetivo de la tarea. Tener un repositorio con una base de datos (o varias), con metadatos y un script (de R?) para analizar esos datos. Bien. aquí mi aportación para empezar la discusión

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DomiRojas commented 2 years ago

Qué tal "R Team" (por el script) o "RNAseq Team" (por los datos)? No es muy original pero es corto y da información de nuestro proyecto. Saludos!

lmontosah commented 2 years ago

Mejores ideas sin duda!!. Por mi RNA sea Team está bien. El mar., 19 abr. 2022 12:58, Domingo Rojas-Barros @.***> escribió:

Qué tal "R Team" (por el script) o "RNAseq Team" (por los datos)? No es muy original pero es corto y da información de nuestro proyecto. Saludos!

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jmoldon commented 2 years ago

Hola a todos,

Gracias por seguir el hilo, lo que habéis hecho es más que suficiente. Tranquilos, que este pequeño "proyecto" de muestra lo podréis ir desarrollando a lo largo del curso, añadiendo las herramientas que vayamos viendo. El objetivo es que al acabar el curso tengáis un análisis que sea totalmente reproducible y que cualquier persona ajena al proyecto pueda obtener el mismo resultado que vosotros.

Un análisis sencillo de un RNA seq es buena idea. Además mañana veremos el gestor de paquetes conda, que tiene todas las herramientas que podáis necesitar, ya que la comunidad de bioconda es muy activa en ese aspecto. Así que creo que un análisis de ese tipo será fácil hacerlo reproducible y abierto.

Mañana tendréis tiempo de trabajar juntos para concretar más detalles.

MJmaolu commented 2 years ago

Hola a tod@s, me han reasignado al grupo 4. Nos vamos viendo por el curso, suerte con e proyecto!! MJ