Analiza podatkov s programom R, 2018/19

Repozitorij z gradivi pri predmetu APPR v študijskem letu 2018/19

• Shiny
• RStudio

Analiza zdravstva v Evropi

V projektu bom analizirala glavne kazalce zdravstvenega stanja držav Evropske unije.

Prvo področje bo splošno zdravstveno stanje leta 2014, kjer se bom osredotočila na podatke o pričakovani življenjski dobi, bolniški odsotnosti z dela, ljudi s psihološkimi boleznimi in umrljivost otrok do enega leta starosti.

Drugo področje je zdravstvo kot institucija, kjer bom vključila podatke o proračunu, ki je namenjen za zdravstvo na prebivalca, število mest v zdravstvenih ustanovah in število zdravstevih delavcev glede na število prebivalcev in pa koliko ljudi in pa v kolikšni meri potrebuje oskrbo na domu.

Tretje področje je razvitost države. Tukaj bom raziskala gospodarsko rast, s poudarkom na rasti bruto domačega proizvoda na prebivalca, na dohodek in brezposelnost.

Moj cilj je poiskati povezave med trenutnim zdravstvenim stanjem posamezne države, vlaganjem v zdravstvo in razvitosjo oziroma razvojem države.

Za vir podatkov bom uporabila Eurostat (https://ec.europa.eu/eurostat/data/database), OECD.Stat (https://stats.oecd.org/index.aspx?queryid=30123#) in World Bank (http://databank.worldbank.org/data/source/world-development-indicators).

TABELE:

1. tabela (zdravstveno stanje):

   • država
   • spol
   • pričakovana življenjska doba
   • število zdravih let
   • bolniška odsotnost od dela
   • umrljivost otrok do 1 leta starosti

2. tabela (zdravstvo):

   • država
   • proračun na prebivalca
   • število mest v zdravstvenih ustanovah (na 100.000 prebivalcev)
   • število zdravstvenih delavcev (na 1.000 prebivalcev)
   • število ljudi z oskrbo na domu

3. tabela (razvitost):

   • država
   • BDP
   • dohodek
   • brezposelnost

Program

Glavni program in poročilo se nahajata v datoteki projekt.Rmd. Ko ga prevedemo, se izvedejo programi, ki ustrezajo drugi, tretji in četrti fazi projekta:

• obdelava, uvoz in čiščenje podatkov: uvoz/uvoz.r
• analiza in vizualizacija podatkov: vizualizacija/vizualizacija.r
• napredna analiza podatkov: analiza/analiza.r

Vnaprej pripravljene funkcije se nahajajo v datotekah v mapi lib/. Podatkovni viri so v mapi podatki/. Zemljevidi v obliki SHP, ki jih program pobere, se shranijo v mapo ../zemljevidi/ (torej izven mape projekta).

Potrebni paketi za R

Za zagon tega vzorca je potrebno namestiti sledeče pakete za R:

• knitr - za izdelovanje poročila
• rmarkdown - za prevajanje poročila v obliki RMarkdown
• shiny - za prikaz spletnega vmesnika
• DT - za prikaz interaktivne tabele
• rgdal - za uvoz zemljevidov
• rgeos - za podporo zemljevidom
• digest - za zgoščevalne funkcije (uporabljajo se za shranjevanje zemljevidov)
• readr - za branje podatkov
• rvest - za pobiranje spletnih strani
• reshape2 - za preoblikovanje podatkov v obliko tidy data
• dplyr - za delo s podatki
• gsubfn - za delo z nizi (čiščenje podatkov)
• ggplot2 - za izrisovanje grafov
• mosaic - za pretvorbo zemljevidov v obliko za risanje z ggplot2
• maptools - za delo z zemljevidi
• extrafont - za pravilen prikaz šumnikov (neobvezno)

Binder

Zgornje povezave omogočajo poganjanje projekta na spletu z orodjem Binder. V ta namen je bila pripravljena slika za Docker, ki vsebuje večino paketov, ki jih boste potrebovali za svoj projekt.

Če se izkaže, da katerega od paketov, ki ji potrebujete, ni v sliki, lahko za sprotno namestitev poskrbite tako, da jih v datoteki install.R namestite z ukazom install.packages. Te datoteke (ali ukaza install.packages) ne vključujte v svoj program - gre samo za navodilo za Binder, katere pakete naj namesti pred poganjanjem vašega projekta.

Tako nameščanje paketov se bo izvedlo pred vsakim poganjanjem v Binderju. Če se izkaže, da je to preveč zamudno, lahko pripravite lastno sliko z želenimi paketi.

Če želite v Binderju delati z git, v datoteki gitconfig nastavite svoje ime in priimek ter e-poštni naslov (odkomentirajte vzorec in zamenjajte s svojimi podatki) - ob naslednjem.zagonu bo mogoče delati commite. Te podatke lahko nastavite tudi z git config --global v konzoli (vendar bodo veljale le v trenutni seji).