feelpp / angiotk

Virtual Angiography Toolkit
http://docs.feelpp.org/angiotk/0.1
Apache License 2.0
5 stars 0 forks source link

Write permission issue with RORPO #27

Closed stsalmon closed 6 years ago

stsalmon commented 6 years ago

Bonjour à tous, J'ai une stagiaire pendant un mois à qui j'essaye de faire utiliser AngioTK... Elle a un joli PC sous Linux-Ubuntu 16.4 (je crois). Aujourd'hui nous avons réussi à installer Docker puis à copier l'image "master" d'angio-tk (pas la "stable"...ça marchait pas, peut-être pour cela faut-il être dans le github privé...).

Ensuite, tout a presque bien fonctionné si ce n'est que RORPO n'a pas pu écrire le fichier de sortie pour de sombres histoires de droit ...J'ai essayé d'aller sur la page que François m'avait envoyée pour utiliser "docker sans sudo" mais là non plus, cela ne marche pas...qu'est-ce que je rate ? Je pense ne pas savoir mon $USER quand on est dans docker ... est-ce un truc spécifique ? j'avais un problème du même genre sur mon mac ...

Merci de votre aide, il faudrait vraiment que cela marche pour elle, elle ne sera là que pendant un mois !

Amicalement

Stéphanie

francoisdh commented 6 years ago

Bonjour Stéphanie,

Merci,

François.

prudhomm commented 6 years ago

@stsalmon your user id can be given by the unix command id it gives for me under docker the following result:

> id
uid=501(user) gid=1001(user) groups=1001(user),27(sudo),44(video),113(docker)

what is the exact command line that you used to run docker?

prudhomm commented 6 years ago

@stsalmon I have renamed the issue so that it reflects a bit better what is going on. How about on your side? could you send the user id you have in docker please ?

prudhomm commented 6 years ago

@francoisdh I think the permission issue comes with the change we did in the docker run.. command. This needs to be explained in the documentation of Angiotk

prudhomm commented 6 years ago

@stsalmon the proper command for docker is:

docker run -it -e LOCAL_USER_ID=`id -u` --rm  -v $HOME/feel:/feel feelpp/angiotk:master

-e LOCAL_USER_ID=id -u`` is crucial to avoid permission issues