Ce dépôt contient le compendium de recherche pour le projet pilote d’évaluation des effets cumulatifs des activités maritimes sur le Saint-Laurent et la rivière Saguenay. Il contient l’ensemble du code nécessaire pour importer, formater et intégrer les données, et pour faire les analyses, les figures et le rapport d’étude.
Puisque les données ne sont pas incluses à ce compendium de recherche, l’ensemble du code doit être exécuter afin de reproduire l’évaluation des effets cumulatifs. Il est toutefois à noter que l’ensemble des données ne sont pas disponibles ou accessibles par des plateformes de données ouvertes dû à des ententes de partage de données. Il est donc nécessaire de nous contacter ou de contacter les personnes ressources identifiées afin d’obtenir ces données.
Veillez citer ce compendium de recherche comme suit:
Beauchesne D (2022) Compendium de recherche pour le projet pilote d’évaluation des effets cumulatifs des activités maritimes sur le Saint-Laurent et la rivière Saguenay. Consulté le [AAAA-MM-JJ]. https://github.com/EffetsCumulatifsNavigation/ceanav.
Ce compendium de recherche est structuré comme suit:
data/: contient les données du projet. Notez que la majorité des données ne sont pas incluses au dépôt, mais que les métadonnées pour l’ensemble des données sont accesibles.
docs/:
contient la page web de ce compendium de recherche générée à l’aide
de pkgdown
figures/: contient l’ensemble des figures générées pour le projet pilote
inst/templates: canevas de présentation utilisés pour présenter les données brutes et les données formatées
man/: contient la documentation des fonctions R
R/: contient l’ensemble des fonctions R développées pour le projet pilote
00-pipeline.R
: contient une fonction qui permet d’accéder aux
données brutes, les formater, l’intégration des données, les
analyses, les figures et tableaux, et le rapport du projet.
:warning: cette fonction prend un temps considérable è executer.ana_nom.R
: contiennent les scripts d’analyse du projetdataXXXX-nom.R
: contiennent les routines pour accéder aux
données brutes et pour les formaterfig_nom.R
: contiennent les scripts pour générer les figuresfnc_nom.R
: contiennent les fonctions R utilisées pour le
projetint-cv_nom.R
: contiennent les routines pour faire
l’intégration des composantes valoriséesint-st_nom.R
: contiennent les routines pour faire
l’intégration des stresseurs environnementauxrep_nom.R
: contiennent des fonctions R utilisées pour générer
des portions du rapport d’étudevuln_nom.R
: contiennent des les scripts utilisés pour intégrer
les données de vulnérabilité des composantes valorisées aux
stresseurs environnementauxreport/: contient le rapport du projet
_pkgdown.yml
: fichier de métadonnées pour générer la page web du
compendium de recherche
DESCRIPTION
: contient les métadonnées du projet (auteurs, date,
dépendences, etc.)
README.Rmd
: description du compendium de recherche
Clonez ce dépôt et executez ces commandes dans votre terminal:
R -e 'library(devtools);document()'
R CMD INSTALL .
R
library(ceanav)
pipeline()
:warning: ce compendium de recherche n’est pas entièrement reproductible dû à des restriction imposées au partage de certaines des données utilisées pour l’évaluation.