core

Docker

docker image

• docker image build
  docker image build -t "image_name" .

• docker image pull
  docker image pull jjthomson2166/scale-ubuntu

• error stack

sudo gpasswd -a $(whoami) docker
sudo chgrp docker /var/run/docker.sock

docker container

• if you use F drive, execute this command and comment out mount in docker-compose.yml
  sudo mount -t drvfs F: /mnt/f/

• before docker-compose up
  docker cp scale-dev:/root/scale-5.4.4 ~/

• if you enter in command line in docker container
  docker exec -it scale-dev bash

• after you enter in docker container, execute this.
  ./build/initial.sh

• if you exit container shell, execute this.
  cp $HOME/scale-5.4.4 -R $HOME/fdrive

others

• if error, which is VS Code: NoPermissions (FileSystemError): Error: EACCES: permission denied, happens, execute this command
  sudo chown -R user {dir}

SCALE (SCALE_user_guide)

tutorial

理想大気実験

• 初期値作成

export PATH=$PATH:$HOME/scale-5.4.4/scale-rm/test/tutorial
cd ~/scale-5.4.4/scale-rm/test/tutorial/ideal/
cp sample/init_R20kmDX500m.conf ./init_R20kmDX500m.conf
mpirun --allow-run-as-root -n 2 ./scale-rm_init init_R20kmDX500m.conf ※rootとして実行  

• シミュレーション実行

cp sample/run_R20kmDX500m.conf ./run_R20kmDX500m.conf
mpirun --allow-run-as-root -n 2 ./scale-rm run_R20kmDX500m.conf

• 後処理と描画

ln -s ../../../util/netcdf2grads_h/net2g ./
cp sample/net2g_R20kmDX500m.conf ./net2g_R20kmDX500m.conf
mpirun --allow-run-as-root -n 2 ./net2g net2g_R20kmDX500m.conf
grads -blc checkfig_ideal.gs

現実大気実験

• USER.sh
  This is a file for configure and making experiments/
make

• 入力データ (境界値データ) の準備

wget https://scale.riken.jp/archives/scale_database.tar.gz -P {dir_path} 
ln -s {dir_path}/scale_database ./
export SCALE_DB="{dir_path}/scale_database"

• pp : 地形データの作成の為の処理

export Tutorial_DIR=$HOME/scale-5.4.4/scale-rm/test/tutorial
cd $Tutorial_DIR/real/tools
bash convert_FNL-grib2grads.sh 2007071418 2007071500 FNL_input FNL_output

• 実験セットの準備

bash ~/core/initial
cd $Tutorial_DIR/real
make

• 地形データの作成：pp

cd $Tutorial_DIR/real/experiment/pp/
mpirun --allow-run-as-root --oversubscribe -n 4 ./scale-rm_pp pp.d01.conf

• 初期値/境界値データの作成：init

cd ${Tutorial_DIR}/real/experiment/init
cp ../../data/gradsinput-link_FNL.sh ./
bash gradsinput-link_FNL.sh
ln -s ../../data/namelist.grads_boundary.FNL.2005053112-2016051106 ./
mpirun --allow-run-as-root --oversubscribe -n 4 ./scale-rm_init init.d01.conf

• シミュレーションの実行：run

cd ${Tutorial_DIR}/real/experiment/run
mpirun --allow-run-as-root --oversubscribe -n 4 ./scale-rm run.d01.conf >& log &

• 結果のクイック描画：net2g

cd ${Tutorial_DIR}/real/experiment/net2g
mpirun --allow-run-as-root --oversubscribe -n 4 ./net2g net2g.2D.d01.conf
mpirun --allow-run-as-root --oversubscribe -n 4 ./net2g net2g.3D.d01.conf
cp ../../data/checkfig_real.gs ./
grads -blc checkfig_real.gs

Refference

• SCALE_user_guide
• color.gs
• xcbar.gs

ディレクトリ構成 (src)

研究に使用したソースを管理しています。

ML

機械学習関係のクラスがあります。

Process

一連の処理のフローをまとめたクラスがあります。

External

外部連携用のクラスがあります。

現状はSlackと連携するクラスがあります。

Exception

例外のクラスがあります。

Module

状態を持たないクラスがあります。（計算や描画など）