Dados sobre COVID-19 em Portugal
Este repositório é público. Está aberto à contribuição de todos para manter e disponibilizar os dados sobre a COVID-19 em Portugal.
Os dados estão disponíveis no formato mais simples possível, para permitir o seu posterior processamento. Os dados da DGS, no formato PDF, limitam a sua reutilização para fins científicos ou de comunicação.
Para discutir os dados ou o seu processamento, por favor crie um issue ou um pull request. Para qualquer outro contacto, use o email jgr@di.uminho.pt.
Participe
Se desenvolveu uma visualização, um modelo ou um algoritmo de previsão, submeta um pull request.
Origem dos dados
COVID-19 em Portugal
Os dados sobre os casos de COVID-19 são atualizados a partir do site da DGS. Os números avançados pela DGS estão publicados nos relatórios de situação.
Os dados sobre a situação epidemiológica são extraídos automaticamente dos PDF através do programa relatorio.py, a partir de 2020-04-21. Antes dessa data, a extração era semi-automática e pode conter erros.
Limites dos Concelhos
Os dados sobre os limites dos concelhos do Continente, Região Autónoma da Madeira e Região Autónoma dos Açores provêm da Direção Geral do Território. Foram obtidos a partir da Carta Administrativa Oficial de Portugal.
Sobre os dados
Codificação
Todos os dados estão escritos com a codificação UTF-8.
Sistemas de coordenadas
Apenas são utilizados os sistemas de coordenadas Portugueses, para o Continente (EPSG:3763), RAM e RAA (EPSG:5016).
Dados
| Tabela | Formato | Conteúdo |
|---|---|---|
| situacao_epidemiologica.csv | CSV (Folha de cálculo) | Situação epidemiológica para cada um dos dias |
| confirmados_concelho.csv | CSV (Folha de cálculo) | Número de casos para cada concelho, para cada um dos dias |
| confirmados_distrito_ilha.csv | CSV (Folha de cálculo) | Número de casos, para cada um dos dias, agrupados por distrito (no continente) e por ilha (nas regiões autónomas) |
| covid-pt-latest.gpkg | GeoPackage (QGIS) | Além das tabelas anteriores, contém os polígonos dos concelhos (do continente e regiões autónomas), dos distritos e das ilhas |
Mapas
Os mapas podem ser produzidos usando o software QGIS. É open source e grátis. Para questões sobre a utilização do software QGIS, inscreva-se na lista de email do QGIS. Com o QGIS é possível, por exemplo, produzir animações com a evolução diária dos casos confirmados de COVID-19.
Para apresentar os dados no QGIS, faz-se uma relação entre as tabelas dos concelhos (que estão no Geopackage) com a tabela confirmados_concelho (que também está no GeoPackage). A chave de ligação é o campo dico.
A título de exemplo, inclui-se o mapa com os valores por concelho para o continente e para a Madeira:
Usando a tabela confirmados_distrito_ilha.csv, podem-se fazer mapas com os dados por distrito (ou por ilhas, para as regiões autónomas), como por exemplo:
Outras fontes de dados de Portugal
Dados disponibilizados pela comunidade Data Science for Social Good Portugal
Projeto colaborativo e independente de monitorização do COVID-19 em Portugal, por André Peralta Santos et al.
Os dados da DGS também estão disponível a partir do Ponto de Situação Atual em Portugal. Contudo, os dados estão (também) a ser introduzidos manualmente e têm diversas gralhas.
Sendo este um repositório aberto à participação, queremos eliminar os erros nos dados com a ajuda de todos. Se encontrar algum erro, por favor crie um issue.
Dados do mundo inteiro ou de outros países
European Centre for Disease Prevention and Control
Bibliografia
Modelling the COVID-19 epidemic and implementation of population-wide interventions in Italy
Effective reproduction number estimation
Temporal variation in transmission during the COVID-19 outbreak, coordenado pelo Centre for the Mathematical Modelling of Infectious Diseases, London School of Hygiene and Tropical Medicine