karel-brinda / MiniPhy

Phylogenetic compression of extremely large genome collections [661k β†˜πŸ­πŸ²π—šπ—Άπ—• | BIGSIdata β†˜πŸ°πŸ΄π—šπ—Άπ—• | AllTheBact'23 β†˜πŸ³πŸ±π—šπ—Άπ—•]
https://brinda.eu/mof
Other
19 stars 0 forks source link

Dustbin creation – iterate over species in their alphabetical order #89

Closed karel-brinda closed 8 months ago

karel-brinda commented 8 months ago

This move close all eg various pseudomonas things such as

  26 #pseudomonas_mandelii
   1 #pseudomonas_mediterranea
  11 #pseudomonas_mendocina
   1 #pseudomonas_mesoacidophila
  36 #pseudomonas_monteilii
  14 #pseudomonas_moraviensis
   1 #pseudomonas_mosselii
   1 #pseudomonas_orientalis
   3 #pseudomonas_oryzae
  11 #pseudomonas_oryzihabitans
  10 #pseudomonas_parafulva
   1 #pseudomonas_prosekii
  59 #pseudomonas_protegens
   2 #pseudomonas_pseudoalcaligenes
   1 #pseudomonas_psychrophila
   1 #pseudomonas_psychrotolerans
   1 #pseudomonas_resinovorans
   1 #pseudomonas_rhizosphaerae
   3 #pseudomonas_rhodesiae
   2 #pseudomonas_sabulinigri
   3 #pseudomonas_savastanoi
   5 #pseudomonas_sihuiensis
   1 #pseudomonas_sp_02c_26
   1 #pseudomonas_sp_3112
   6 #pseudomonas_sp_7sr1
   3 #pseudomonas_sp_atcc_13867
   3 #pseudomonas_sp_cc6yy74
   8 #pseudomonas_sp_ccos_191
   4 #pseudomonas_sp_fdaargos_380
   1 #pseudomonas_sp_fgi182
  11 #pseudomonas_sp_gr_602
   4 #pseudomonas_sp_hls6
   4 #pseudomonas_sp_jyq
   1 #pseudomonas_sp_lab08
   1 #pseudomonas_sp_lg1d9
   4 #pseudomonas_sp_lh1g9
   2 #pseudomonas_sp_lph1
   1 #pseudomonas_sp_m3035
   1 #pseudomonas_sp_mt1
  12 #pseudomonas_sp_myb193
  13 #pseudomonas_sp_nc02
   1 #pseudomonas_sp_phdv1
   3 #pseudomonas_sp_ponih3
   1 #pseudomonas_sp_s09g_359
   1 #pseudomonas_sp_s211_2017
   1 #pseudomonas_sp_s62
   2 #pseudomonas_sp_tcuhl1
   6 #pseudomonas_sp_tkp
   7 #pseudomonas_sp_urmo17wk12_i11
  18 #pseudomonas_sp_uw4
   2 #pseudomonas_sp_vlb120
   3 #pseudomonas_sp_wcs374
   1 #pseudomonas_sp_z00304c_834421
  82 #pseudomonas_stutzeri
   1 #pseudomonas_synxantha
  55 #pseudomonas_syringae_group_genomosp_3
   2 #pseudomonas_thivervalensis
   1 #pseudomonas_tolaasii
  10 #pseudomonas_umsongensis
   8 #pseudomonas_veronii
   3 #pseudomonas_viridiflava
   1 #pseudomonas_xanthomarina