Neurociencias Introducción Exploración de Datos

Introducción a exploración de datos para la clase Neurociencias UNAM.

Este paquete contiene datasets para realizar ejercicios de exploración de datos.

En este curso se usaran los datos:

• Neuromorpho, que contienen datos de tamaño, superficie, volume, entre otros, de células del sistema nervioso que esta página a recopilado y estandarizado a partir de diferentes estudios. Usando el paquete de datos https://github.com/natverse/neuromorphr se obtuvo 3 datasets a partir de este repositorio de datos

• COVID usaremos datos de COVID19 para reproducir, entender y explorar algunos de los gráficos que hemos visto en esta pandemia. Los datos son tomados de las páginas oficiales del gobierno.

• TBI (Traumatic Brain Injury) Estos datos se encuentran disponibles al cargar el paquete y son proporcionados por el proyecto de Demencia y TBI. Constan de marcadores para proteínas relacionadas con el deterioro neuronal que peude estar asociado a TBI y otros padecimientos. Este set de datos incluye información a nivel mRNA, la cual se puede descargar mediante una función. Mas información en la ayuda del paquete.

• Epilepsia Son datos de las crísis epilepticas que se dan en un lapso de 2 semanas en un grupo de 59 sujetos. Este dataset se encuentra dentro del paquete MASS() disponible en cran e instalable mediante install.packages('MASS')

Instalación del Paquete

Como paso inicial se necesita tener instalado el paquete devtools

install.packages('devtools')

Con esto podemos instalar este paquete en el equipo:

devtools::install_github("nekrum/NeurocienciasIntroData", upgrade = 'never')

En caso de haber cambios ejecutar este mismo comando una vez mas reinstalará el paquete nuevo. Puedes revisar la versión del paquete en el archivo DESCRIPTION y en tu maquina ó espacio de trabajo con el comando packageVersion("NeurocienciasIntroData")

Alternativa

Una alternativa de isntalación es usar la paquetería remotes() que es mas ligero que devtools. De hecho es preferible este método si no queremos instalar otras dependencias.

Instalamos remotes

install.packages('remotes')

Instalamos el paquete

remotes::install_github("nekrum/NeurocienciasIntroData", upgrade = 'never')

Correr tutorial

Para facilitar el uso de R hemos creado algunos ejercicios en este paquete para usarlo necesitas el paquete learnr()

install.packages("learnr")

Para abrir el ejercicio ejecutas un comando como este donde name es el nombre del ejercicio y package el nombre de este paquete:

learnr::run_tutorial(name = "Paquetes", package = "NeurocienciasIntroData")

Presentaciones

Creamos algunas presentaciónes con el fin de facilitar el uso de R, estan en línea y no necesitas instalar el paquete para hacer uso de ellas.

• Rstudio Cloud Introducción mínima al uso de Rstudio

Código de las presentaciónes

Si quieres usar estas presentaciones o entender como funcionan, tras instalar el paquete puedes revisar el código que las crean, fueron echas mediante R.

El código se puede revisar con:

system.file("presentations", "rstudio_cloud.Rmd", package="NeurocienciasIntroData")