//fastqc - Before Process output to --> outdir_0_fastqc
//fastp - Parameters: quality = 30 //the quality value that a base is qualified. Default 15 means phred quality >=Q15 is qualified. (Default 15) percent = 3 // unqualified_percent_limit how many percents of bases are allowed to be unqualified (0~100). Default 40 means 40%
//fastqc - After Process output to --> outdir_1_fastqc
//Make.contigs (ensamble de contigs) del mismo individuo. mothur v.1.47.0 Schloss, P.D., et al., Introducing mothur: Open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities. Appl Environ Microbiol, 2009. 75(23):7537-41.
//Summary.seqs (información estadística del proceso)
//Screen.seqs (filtrado de secuencias indeseadas, por longitud 200-350, bases ambiguas, max homopolymer=8)
//Barcode Splitter (Separación de las colecciones para separar los 3 genes)
//Unique.seqs (names: grupos de nombres según secuencias únicas)
//Count.seqs (conteo de seqs, mothur instalado localmente) // Conteo final de genes en grupos (GH2,DQB,DRB) // mothur > count.seqs(name=file.mothur.names, group=file.mothur.groups, compress=f)