CROCO

Le répertoire croco contient le code CROCO de base

Le répertoire CONFIGS contient les différentes configurations:

• MEDDY : Meddy dans une configuration idéalisée
• MOZ : Tourbillon dans la configuration réaliste du canal du Mozambique
• JETN : Jet et marée interne dans une configuration idéalisée
• ITBALT : Internal Tide and BALanced Turbulence in an idealized context

Le répertoire util contient des utilitaires python

• clean_croco.py : pour supprimer tous les xios_client et xios_server (sauf le 0) à partir du niveau de répertoire courant et dans les deux niveaux inférieurs
• kill_datarmor.py : pour tuer sur datarmor tous les chainages d'une simulation en cours
• restart_datarmor.py : pour relancer sur datarmor une simulation de plusieurs chainages

Installation

Download the repository:

git clone https://github.com/slgentil/croco.git

For pre/post processing, install an appropriate conda-environment. Download Miniconda3 (i.e. for python3) from the conda website and run:

./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
conda update conda
conda create -n croco -c conda-forge python=3.8 dask dask-jobqueue \
            xarray zarr netcdf4 python-graphviz \
            jupyterlab ipywidgets \
            cartopy geopandas scikit-learn seaborn \
            hvplot geoviews nodejs \
            intake-xarray gcsfs \
            cmocean gsw \
            xrft \
            pytide pyinterp
conda activate croco
pip install git+https://github.com/xgcm/xgcm.git
conda install -c conda-forge pywavelets
cd croco; pip install -e .

# install croco_visu
conda install -c conda-forge wxpython ffmpeg

# install parcels
conda install -c conda-forge parcels

# pyamg for solving poisson equation
conda install -c conda-forge pyamg

jupyter labextension install @jupyter-widgets/jupyterlab-manager \
                             @pyviz/jupyterlab_pyviz \
                             jupyter-leaflet

see also conda doc

Compilation

Aller dans le répertoire Run_XXX
Ce répertoire ne contient que les sources modifiés de la configuration courante par rapport à CROCO de base
Lancer jobcomp
L'exécutable croco et un lien symbolique vers l'exécutable xios_server.exe sont créés dans le répertoire courant

Lancement sur Datarmor

python chain_datarmor.py workdir nbchain elaptim resolution jobname restart

avec:

• workdir : répertoire qui sera créé sous DATAWORK ou SCRATCH selon la variable WORK du script python
• nbchain : nombre de chainages
• elaptim : temps elapsed pour chaque chainage HH:MM:SS
• resolution : dépend de la configuration (4,2,1 pour JETN / 128,256,512,1024 pour MEDDY et MOZ)
• jobname : nom générique des batchs
• restart : 0 (initial) or 1 (restart)

Le répertoire workdir est créé dans DATAWORK ou SCRATCH
Ce répertoire contient des sous-répertoires t1,t2,... , un répertoire par chainage
Le script python prépare le batch et vous indique comment le lancer.